Show simple item record

Mapping techniques for reference-based genome assembly

dc.contributor.advisorBartoň, Vojtěchcs
dc.contributor.authorPetrovský, Jancs
dc.date.accessioned2020-06-24T07:57:08Z
dc.date.available2020-06-24T07:57:08Z
dc.date.created2020cs
dc.identifier.citationPETROVSKÝ, J. Techniky mapování genomu k referenční sekvenci [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2020.cs
dc.identifier.other126720cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/190316
dc.description.abstractBakalářská práce se zabývá nástroji používanými pro mapování genomu k referenční sekvenci. V teoretické části jsou popsány aktuálně využívané sekvenační technologie, ať už první generace nebo nejnovější technologie třetí generace, přehled nástrojů používaných pro sestavování genomu de novo, používané přístupy a nástroje pro mapování k referenci, program ART a s ním související datové formáty. Praktická část sestává z vytvoření testovacího datasetu NGS dat, vytvoření metrik vhodných pro vyhodnocení kvality mapování a jejich následné použití na vybrané mapovací nástroje.cs
dc.description.abstractThe bachelor thesis deals with the tools used to map the genome to the reference sequence. The theoretical part describes the currently used sequencing technologies, whether the first generation or the latest technologies of the third generation, an overview of the tools used for de novo genome construction, approaches and tools used for mapping to the reference, the ART program and related data formats. The practical part consists of creating a test dataset of NGS data and creating appropriate metrics to evaluate the quality of the mapping and their subsequent usage on the chosen mapping tools.en
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectsekvenační technologiecs
dc.subjectNGScs
dc.subjectmapování genomucs
dc.subjectIlluminacs
dc.subjectBWAcs
dc.subjectBowtie2cs
dc.subjectNovoaligncs
dc.subjectsequencing technologyen
dc.subjectNGSen
dc.subjectgenome mappingen
dc.subjectIlluminaen
dc.subjectBWAen
dc.subjectBowtie2en
dc.subjectNovoalignen
dc.titleTechniky mapování genomu k referenční sekvencics
dc.title.alternativeMapping techniques for reference-based genome assemblyen
dc.typeTextcs
dcterms.dateAccepted2020-06-23cs
dcterms.modified2020-06-23-11:40:15cs
thesis.disciplineBiomedicínská technika a bioinformatikacs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrstvícs
thesis.levelBakalářskýcs
thesis.nameBc.cs
sync.item.dbid126720en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2020.06.24 09:57:08en
sync.item.modts2020.06.24 08:19:18en
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.contributor.refereeSedlář, Karelcs
dc.description.markCcs
dc.type.driverbachelorThesisen
dc.type.evskpbakalářská prácecs
but.committeeprof. Ing. Ivo Provazník, Ph.D. (předseda) doc. Ing. Martin Černý, Ph.D. (místopředseda) Ing. Radovan Jiřík, Ph.D. (člen) Ing. Oto Janoušek, Ph.D. (člen) Mgr. Erik Staffa, Ph.D. (člen) MUDr. Jaromír Gumulec, Ph.D. (člen)cs
but.defenceStudent prezentoval výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Ing. Janoušek položil otázku: Proč jste použil krabicové grafy? Mají programy vstupní proměnné, které ovlivňují výsledek? Jaké hodnoty jsou pod nulou a co vyjadřují? MUDr. Gumulec položil otázku: U coverage lze vidět výrazné rozdíly a u p-distance ne. Čím je to způsobeno? Jaké jsou hlavní parametry při výběru programu pro mapování? Jak vyberete vhodný nástroj pro konkrétní data? Proč je umělý dataset uveden pouze u úspěšnosti mapování? Jak jsou čtení hodnocena jako nenamapovaná? Student obhájil bakalářskou práci s výhradami a odpověděl na otázky členů komise a oponenta.cs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
but.programBiomedicínská technika a bioinformatikacs
but.jazykčeština (Czech)


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record