Show simple item record

Bacteria Classification Based on Marker Genes

dc.contributor.advisorSmatana, Stanislavcs
dc.contributor.authorPelantová, Luciecs
dc.date.accessioned2020-08-29T01:59:51Z
dc.date.available2020-08-29T01:59:51Z
dc.date.created2020cs
dc.identifier.citationPELANTOVÁ, L. Klasifikace bakterií pomocí markerových genů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2020.cs
dc.identifier.other129852cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/194970
dc.description.abstractCílem této práce je návrh a implementace nové metody klasifikace bakterií podle sekvencí několika markerových genů. Pro řešení tohoto problému bylo zvoleno 10 markerových genů. Výsledný MultiGene klasifikátor dělí trénovací sadu do několika skupin a pro každou je vybrán gen dosahující nejlepších výsledků v jejím rozpoznání. V práci je popsána implementace MultiGene klasifikátoru a jeho otestování v porovnání s ostatními klasifikátory bakterií a s klasifikací čistě podle genu 16S rRNA.cs
dc.description.abstractThe aim of this work is proposal of new method for bacteria classification based on sequences of marker genes. For this purpose was chosen 10 marker genes. Resulting MultiGene classifier processes data set by dividing it in several groups and choosing gene for each group which can distinguish this group with best results. This work describes implementation of MultiGene classifier and its results in comparison with other bacteria classifiers and with classification based entirely on gene 16S rRNA.en
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectmetagenomikacs
dc.subjecttaxonomiecs
dc.subject16S rRNAcs
dc.subjectmarkerové genycs
dc.subjectklasifikace bakteriícs
dc.subjectmikrobiomcs
dc.subjectmetagenomicsen
dc.subjecttaxonomyen
dc.subject16S rRNAen
dc.subjectmarker genesen
dc.subjectbacteria classificationen
dc.subjectmicrobiomeen
dc.titleKlasifikace bakterií pomocí markerových genůcs
dc.title.alternativeBacteria Classification Based on Marker Genesen
dc.typeTextcs
dcterms.dateAccepted2020-08-26cs
dcterms.modified2020-08-27-21:21:47cs
thesis.disciplineBioinformatika a biocomputingcs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav počítačových systémůcs
thesis.levelInženýrskýcs
thesis.nameIng.cs
sync.item.dbid129852en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2020.08.29 03:59:51en
sync.item.modts2020.08.28 08:16:30en
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta informačních technologiícs
dc.contributor.refereeHon, Jiřícs
dc.description.markBcs
dc.type.drivermasterThesisen
dc.type.evskpdiplomová prácecs
but.committeeprof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) doc. Ing. Zdeněk Vašíček, Ph.D. (místopředseda) Ing. Michal Bidlo, Ph.D. (člen) Mgr. Lukáš Holík, Ph.D. (člen) Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen) Ing. Vojtěch Mrázek, Ph.D. (člen)cs
but.defenceStudentka nejprve prezentovala výsledky, kterých dosáhla v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Studentka následně odpověděla na otázky oponenta a na další otázky přítomných, např. ohledně genové kompozice klasifikovaných bakterií, způsobu vyhodnocení kvality datové sady včetně použitých metrik a přístupu k trénování klasifikátoru. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studentky na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm B - velmi dobře . Otázky u obhajoby: Ve fázi trénování zjišťujete, s jakou přesností který gen rozlišuje danou taxonomickou skupinu. Při predikci tuto znalost ale využíváte jen nepřímo, tj. zařadíte nejlepší gen do množiny genů. Dal by se váš algoritmus upravit tak, aby zohlednil i přesnost jednotlivých genů? Např. použitím vhodného váhování sekvenční identity k různým genům? Velikost vaší datové sady (631 organismů) je omezena nutností znát sekvence všech osmi markerových genů. Jak velkou datovou sadu byste mohla získat, pokud byste pro predikci potřebovala pouze gen 16S rRNA?cs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
but.programInformační technologiecs
but.jazykčeština (Czech)


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record