Unsupervised Pathological Area Extraction Using 3D T2 and FLAIR MR Images
Loading...
Date
2014-11-20
ORCID
Advisor
Referee
Mark
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Walter de Gruyter
Altmetrics
Abstract
This work deals with fully automated extraction of brain tumor and edema in 3D MR volumes. The goal of this work is the extraction of the whole pathological area using such an algorithm that does not require a human intervention. For the good visibility of these kinds of tissues both T2-weighted and FLAIR images were used. The proposed method was tested on 80 MR volumes of publicly available BRATS database, which contains high and low grade gliomas, both real and simulated. The performance was evaluated by Dice coefficient, where the results were differentiated between high and low grade and real and simulated gliomas. The method reached promising results for all of the combination of images: real high grade (0.73), real low grade (0.81), simulated high grade (0.81), simulated low grade (0.81).
Tato práce se zabývá plně automatickou extrakci mozkového nádoru a edému 3D MR obrazů. Cílem práce je extrakce celé patologické oblasti s použitím takového algoritmu, který nevyžaduje zásah člověka. Pro extrakci byly zvoleny T2 a FLAIR obrazy pro dobrou viditelnost těchto druhů tkání. Navržená metoda byla testována na 80 MR obrazech veřejně dostupné BRATS databáze, která obsahuje reálné i simulované obrazy pacientů s gliomem v různých staádiích. Výsledky byly hodnoceny pomocí Diceova koeficientu, kde byly diferencované výsledky mezi vysokým a nízkým stupněm a reálných a simulovaných gliomů. Tato metoda dosáhla slibné výsledky pro všechny kombinace obrázů: reálné gliomy vysokého stupně (0,73), reálné gliomy nízkého stupně (0,81), simulované gliomy vysokého stupně (0,81), simulované gliomy nízkého stupně (0,81).
Tato práce se zabývá plně automatickou extrakci mozkového nádoru a edému 3D MR obrazů. Cílem práce je extrakce celé patologické oblasti s použitím takového algoritmu, který nevyžaduje zásah člověka. Pro extrakci byly zvoleny T2 a FLAIR obrazy pro dobrou viditelnost těchto druhů tkání. Navržená metoda byla testována na 80 MR obrazech veřejně dostupné BRATS databáze, která obsahuje reálné i simulované obrazy pacientů s gliomem v různých staádiích. Výsledky byly hodnoceny pomocí Diceova koeficientu, kde byly diferencované výsledky mezi vysokým a nízkým stupněm a reálných a simulovaných gliomů. Tato metoda dosáhla slibné výsledky pro všechny kombinace obrázů: reálné gliomy vysokého stupně (0,73), reálné gliomy nízkého stupně (0,81), simulované gliomy vysokého stupně (0,81), simulované gliomy nízkého stupně (0,81).
Description
Citation
Measurement Science Review. 2014, vol. 14, issue 6, p. 357-364.
https://www.sciendo.com/article/10.2478/msr-2014-0049
https://www.sciendo.com/article/10.2478/msr-2014-0049
Document type
Peer-reviewed
Document version
Published version
Date of access to the full text
Language of document
en
Study field
Comittee
Date of acceptance
Defence
Result of defence
Document licence
Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/