Měření konformačních vlastností nukleových kyselin
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Tato bakalářská práce se zabývá charakteristikou nejvýznamějších konformací nukleových kyselin. Kromě klasické B-DNA šroubovice popisuje i alternativní konformace A-DNA, Z-DNA, triplexu, nebo také guaninového, či cytozinového kvadruplexu. Dále je zde uveden přehled nejrozšířenějších metod používaných pro určení konkrétní konformace. Mezi metody uvedené v práci patří nukleární magnetická rezonance (NMR), metoda cirkulárního dichroismu (CD), rentgenová krystalografie, výpočetní metody, absorpční spektrofotometrie a její využití při analýze křivek tání. V prostředí MATLAB byl vytvořen algoritmus s grafickým uživatelským rozhraním pro analýzu křivek tání, který uživateli poskytuje termodynamické parametry, jako je mezní teplota a entalpie, určující stabilitu zkoumaného vzorku.
This thesis gives a brief characteristic of the most important conformations of nucleic acids. It describes alternative conformations that are different from canonical B-DNA helix, such as A-DNA, Z-DNA, triplex structures, or guanine and cytozin quadruplex structures. In the next part it presents most common methods used for determing secondary structure of nucleic acids, which are nuclear magnetic resonance (NMR), measurement of circular dichroism (CD), X-ray diffraction, computational methods, measurements of ultraviolet absorbance and its utilization for analysis of thermal melting curves. In MATLAB was created algorithm with graphical user interface, which analyze melting curves and graphically computes thermodynamic parameters, which are melting temperature and transition enthalpy, which defines stability of examined sample.
This thesis gives a brief characteristic of the most important conformations of nucleic acids. It describes alternative conformations that are different from canonical B-DNA helix, such as A-DNA, Z-DNA, triplex structures, or guanine and cytozin quadruplex structures. In the next part it presents most common methods used for determing secondary structure of nucleic acids, which are nuclear magnetic resonance (NMR), measurement of circular dichroism (CD), X-ray diffraction, computational methods, measurements of ultraviolet absorbance and its utilization for analysis of thermal melting curves. In MATLAB was created algorithm with graphical user interface, which analyze melting curves and graphically computes thermodynamic parameters, which are melting temperature and transition enthalpy, which defines stability of examined sample.
Description
Keywords
DNA, konformace, sekundární struktura, triplex, kvadruplex, vlnová délka, křivka tání, denaturace DNA, UV absorpční spektrum, stabilita konformace, entalpie, mezní teplota, DNA, conformation, secondary structure, triplex structure, quadruplex structure, wavelength, DNA denaturation, ultraviolet absorbance spectra, conformance stability, enthaply, melting temperature
Citation
HRAZDILOVÁ, I. Měření konformačních vlastností nukleových kyselin [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2011.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Biomedicínská technika a bioinformatika
Comittee
prof. Ing. Ivo Provazník, Ph.D. (předseda)
doc. Ing. Jiří Rozman, CSc. (místopředseda)
doc. Ing. Daniel Schwarz, Ph.D. (člen)
MUDr. Marie Nováková, Ph.D. (člen)
MUDr. Lenka Forýtková, CSc. (člen)
Date of acceptance
2011-06-15
Defence
Prof. Provazník položil otázku: proč se analyzované křivky vyhlazují?
Studentka obhájila bakalářskou práci a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení