Metody analýzy pangenomu u bakteriálních populací

Bacterial Pan-Genome Analysis

Thumbnail
View/Open
Author
Advisor
Nykrýnová, Markéta
Referee
Škutková, Helena
Grade
D
Altmetrics
Metadata
Show full item record
Abstract
Táto bakalárska práca sa zaoberá analýzou pangenómu u bakteriálnych populácií. V prvej časti je opísaný genóm, pseudogény, baktérie vrátane ich genómu, pangenóm a jeho súčasti. Uvedený je popis štyroch vybraných nástrojov na analýzu pangenómu. V praktickej časti je prevedené testovanie týchto nástrojov a porovnanie ich výstupov pre genóm danej baktérie. Nakoniec je navrhnutý algoritmus pre vlastnú metódu analýzy, opísaný je vlastný program a získané výsledky.
 
This bachelor thesis deals with pan-genome analysis for bacterial populations. The first part specifies genome, pseudogenes, bacteria and its genome, and pan-genome including its components. Following part introduces four tools for pan-genome analysis. Testing of these tools against specific bacterial genome and their comparison is mentioned in practical part. Lastly, an algorithm is implemented for creating new pipeline, and a code and obtained results are described.
 
Keywords
analýza pangenómu, genóm, baktéria, pan-genome analysis, genome, bacteria
Language
slovenština (Slovak)
Study brunch
bez specializace
Composition of Committee
doc. Ing. Daniel Novák, Ph.D. (předseda) doc. Ing. Radim Kolář, Ph.D. (místopředseda) Ing. Andrea Němcová, Ph.D. (člen) Ing. Helena Škutková, Ph.D. (člen) MUDr. Michal Jurajda, Ph.D. (člen) Ing. Martin Králík (člen)
Date of defence
2022-06-15
Process of defence
Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Ing. Němcová se ptá na porovnání algoritmu s ostatními algortimy. Jak vznikl redukovaný dataset? Dají se výsledky generalizovat? MUDr. Jurajda se ptá jestli je výpočet náročný i na servrovém úložišti? Studentka obhájila bakalářskou práci s výhradami a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.
Result of the defence
práce byla úspěšně obhájena
Persistent identifier
http://hdl.handle.net/11012/205741
Source
LORKOVÁ, E. Metody analýzy pangenomu u bakteriálních populací [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2022.
Collections
Citace PRO