Identifikace variability v celogenomových sestaveních
Variability identification in whole-genome assemblies
Author
Advisor
Bartoň, VojtěchReferee
Škutková, HelenaGrade
FAltmetrics
Metadata
Show full item recordAbstract
Tato bakalářská práce se zabývá vyhledáváním variabilit v genomu organismu Treponema pallidum. V teoretické části jsou popsány významné sekvenační technologie, metody mapování genomu a variability genomu. Praktickou část tvoří mapování dat ze sekvenátoru Illumina, jejich zpracování a vyhledávání variabilních pozic. This bachelor thesis deals with searching variable positions in the Treponema Pallidum genome. The theoretical part describes sequencing technologies, methods of genome assembly and variability of genome. The practical part includes processing data sequenced by Illumina sequencing technology and identification of variability in them.
Keywords
sekvenační technologie, NGS, mapování genomu, Illumina, Bowtie2, genetická variabilita, Treponema pallidum, sequencing technology, NGS, genome assembly, Illumina, Bowtie2, genetic variability, Treponema pallidumLanguage
čeština (Czech)Study brunch
bez specializaceComposition of Committee
doc. Ing. Daniel Novák, Ph.D. (předseda) doc. Ing. Radim Kolář, Ph.D. (místopředseda) Ing. Andrea Němcová, Ph.D. (člen) Ing. Helena Škutková, Ph.D. (člen) MUDr. Michal Jurajda, Ph.D. (člen) Ing. Martin Králík (člen)Date of defence
2022-06-15Process of defence
Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Ing. Škutková se zeptala na otázky oponenta. Jaké bylo pokrytí v poolech. Jaké byly zvoleny referenční sekvence pro mapování genomů. Pro každý gen byl jiný referenční genom? Byla použita konsensuální sekvence? Byly sekvence kompletní? Z jaké části databáze byly data použity? Ing. Němcová se zeptala, jak se stanoví referenční sekvence. Jaké jsou možnosti vytvoření konsensuální sekvence. Studentka neobhájila bakalářskou práci. Komise doporučuje přepracovat práci dle připomínek v obou posudcích.Result of the defence
práce nebyla úspěšně obhájenaPersistent identifier
http://hdl.handle.net/11012/205743Source
MORÁVKOVÁ, D. Identifikace variability v celogenomových sestaveních [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2022.Collections
- 2022 [397]