Vyhledávání transkripčních motivů u nemodelových organismů
Transcription motif finding in non-model organisms
Autor
Vedoucí práce
Musilová, JanaOponent
Jurečková, KateřinaKlasifikace
EAltmetrics
Metadata
Zobrazit celý záznamAbstrakt
Tato bakalářská práce se zabývá vyhledáváním transkripčních motivů u nemodelových organismů. V první části je vysvětlen proces transkripce, pojem vzájemná informace a algoritmus využívající vzájemnou informaci. V druhé části je popsáno rozdělení metod vyhledávající motivy a příklady algoritmů. Třetí část obsahuje přehled databází transkripčních motivů. Praktická část obsahuje popis vytvoření datasetu pro nemodelový organismus, popis navrženého algoritmu a jeho otestování na datasetu. Následně byly porovnány výsledky navrženého algoritmu s výsledky algoritmů FIRE a MEME. This bachelor thesis deals with the search for DNA motifs in non-model organisms. The first part explains the process of transcription, the concept of mutual information and an algorithm using mutual information. The second part describes the distribution of motif searching methods and examples of algorithms. The third part contains an overview of transcription motif databases. The practical part contains a description of the creation of a dataset for a non-model organism, a description of the proposed algorithm and its testing on the dataset. Then, the results of the proposed algorithm were compared with the results of FIRE and MEME algorithms.
Klíčová slova
DNA, transkripční motiv, nemodelový organismus, vzájemná informace, algoritmus, DNA, DNA motif, non-model organism, mutual information, algorithmJazyk
čeština (Czech)Studijní obor
bez specializaceSložení komise
doc. Ing. Jiří Hozman, Ph.D. (předseda) Ing. Vratislav Harabiš, Ph.D. (místopředseda) Ing. Lukáš Smital, Ph.D. (člen) Ing. Kateřina Jurečková (člen) MUDr. Tibor Stračina, Ph.D. (člen) Larisa Chmelíková (člen)Termín obhajoby
2022-06-15Průběh obhajoby
Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Ing. Kateřina Jurečková položila otázku, jak a kde byl kód spouštěn? Z čeho bylo spočítano Z-skóre? Ing. Vratislav Harabiš, Ph.D. položil otázku ohledně časové náročnosti navrženého algoritmu. Studentka obhájila bakalářskou práci s výhradami a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.Výsledek obhajoby
práce byla úspěšně obhájenaTrvalý odkaz
http://hdl.handle.net/11012/205760Zdrojový dokument
HELEŠICOVÁ, K. Vyhledávání transkripčních motivů u nemodelových organismů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2022.Kolekce
- 2022 [397]