Webová aplikácia pre výber sekvenačných primerov pre amplikónové sekvenovanie 16S rRNA

Abstract

Hlavním cílem této práce byl návrh a implementace webové aplikace, která je, na základě uživatelské volby, schopna ohodnotit primerové páry určené pro 16S rRNA amplikonové sekvenování a zjednodušit uživateli výběr primerového párů pro jeho specifické potřeby. Ohodnocení je realizováno na základě databáze primerových párů, která obsahuje data o specifitě a senzitivitě každého jednoho primerového páru. Součástí práce byla i výkonnostní optimalizace algortimu pro výpočet senzitivity a specificity a jeho integrace do aplikace. Díky čemuž aplikace umožňuje uživateli provést analýzu vlastního primerového páru a získat informace o pozici amplifikovaného regionu, senzitivitě a specificitě.

Main goal of this thesis was an implementation of web application, that can evalutate and recommend primer pairs for 16S rRNA amplicon sequencing, according to users specific needs and by this simplify the procces of primer pair selection. Primer pair evaluation is based on database of primer pairs, which contains data about senzitivity and specifity of each primer pair. Part of the work was also the performance optimization of the primer pair analysis algorithm, that computes senzitivity and specifity data. This optimization helped in an integration of algorithm into the application, which means that users can submit their own primer pair sequences, run analysis and get informations about position of amplified region, sensitivity and specifity.