Webová aplikácia pre výber sekvenačných primerov pre amplikónové sekvenovanie 16S rRNA

Loading...
Thumbnail Image
Date
ORCID
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract
Hlavním cílem této práce byl návrh a implementace webové aplikace, která je, na základě uživatelské volby, schopna ohodnotit primerové páry určené pro 16S rRNA amplikonové sekvenování a zjednodušit uživateli výběr primerového párů pro jeho specifické potřeby. Ohodnocení je realizováno na základě databáze primerových párů, která obsahuje data o specifitě a senzitivitě každého jednoho primerového páru. Součástí práce byla i výkonnostní optimalizace algortimu pro výpočet senzitivity a specificity a jeho integrace do aplikace. Díky čemuž aplikace umožňuje uživateli provést analýzu vlastního primerového páru a získat informace o pozici amplifikovaného regionu, senzitivitě a specificitě.
Main goal of this thesis was an implementation of web application, that can evalutate and recommend primer pairs for 16S rRNA amplicon sequencing, according to users specific needs and by this simplify the procces of primer pair selection. Primer pair evaluation is based on database of primer pairs, which contains data about senzitivity and specifity of each primer pair. Part of the work was also the performance optimization of the primer pair analysis algorithm, that computes senzitivity and specifity data. This optimization helped in an integration of algorithm into the application, which means that users can submit their own primer pair sequences, run analysis and get informations about position of amplified region, sensitivity and specifity.
Description
Citation
JURČA, J. Webová aplikácia pre výber sekvenačných primerov pre amplikónové sekvenovanie 16S rRNA [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2022.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Bioinformatika a biocomputing
Comittee
prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) doc. Ing. Zdeněk Vašíček, Ph.D. (místopředseda) Ing. Michal Bidlo, Ph.D. (člen) Ing. Ivana Burgetová, Ph.D. (člen) Ing. Ondřej Lengál, Ph.D. (člen) doc. Ing. Radomil Matoušek, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2022-06-21
Defence
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm A. Otázky u obhajoby: V jaké formě jsou dostupné informace o tom, že daný primerový pár je schopen amplifikovat konkrétní 16S rRNA sekvenci? Uvažuje vytvořená aplikace výskyt různých variant 16S rRNA v rámci jednoho organizmu? Pokud ne, dala by se o tuto možnost rozšířit?
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení
DOI
Collections
Citace PRO