Porovnání metod pro konstrukci barevných DNA spektrogramů
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
B
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Tato práce pojednává o možnostech konstrukce barevných DNA spektrogramů a o vzorech, které z nich detekujeme. Spektrogramy jako nástroje spektrální analýzy nám umožňují současný pohled na lokální frekvence napříč celou nukleotidovou sekvencí. Jsou vhodné pro identifikaci genů či jejich regionů, určování globálních vlastností celých chromozomů, ale také dávají možnost objevit nové dosud neznámé regiony s potenciálním významem. Za účelem takovéto analýzy DNA lze použít techniky číslicového zpracování signálů. Jejich použití však musí předcházet metody konvertování DNA sekvence do numerické reprezentace. Výběr správné numerické reprezentace ovlivní, jak dobře budou dané biologické vlastnosti reflektovány v numerickém zápisu potřebném pro další použití v analýze zpracování signálů.
This thesis discusses about possibilities of construction colour DNA spectrograms and about patterns which can be detected there. Spectrograms as tools of spectral analysis give us a simultaneous view of the local frequency throughout the nucleotide sequence. They are suitable for gene identification or gene regions identification, determination of global character about whole chromosomes and also give us a chance for the discovery of yet unknown regions of potential significance. For purpose of this kind of DNA analysis is possible to use digital signal processing methods. We can apply them on only after conversion of DNA sequence to numerical representation. Selection of correct numerical representation affects how well will be reflected biological features in numerical record which we need for another use in digital signal analysis.
This thesis discusses about possibilities of construction colour DNA spectrograms and about patterns which can be detected there. Spectrograms as tools of spectral analysis give us a simultaneous view of the local frequency throughout the nucleotide sequence. They are suitable for gene identification or gene regions identification, determination of global character about whole chromosomes and also give us a chance for the discovery of yet unknown regions of potential significance. For purpose of this kind of DNA analysis is possible to use digital signal processing methods. We can apply them on only after conversion of DNA sequence to numerical representation. Selection of correct numerical representation affects how well will be reflected biological features in numerical record which we need for another use in digital signal analysis.
Description
Citation
POSTRÁNECKÁ, T. Porovnání metod pro konstrukci barevných DNA spektrogramů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2013.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Biomedicínské inženýrství a bioinformatika
Comittee
prof. Ing. Ivo Provazník, Ph.D. (předseda)
doc. Ing. Jiří Rozman, CSc. (místopředseda)
Ing. Martin Vítek, Ph.D. (člen)
RNDr. Petr Fuchs, Ph.D. (člen)
prof. Pharm.Dr. Petr Babula, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2013-06-12
Defence
Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky.
Prof. Ing. Ivo Provazník, Ph.D. položil otázky: Šlo by potlačit pozadí u spektrogramu z FT změnou barevný mapy? Vysvětlete, co znamená posun okna 0. Jaké parametry má AR model? Jak jste určovala rád AR modelu?
Studentka obhájila diplomovou práci a odpověděla na položené otázky.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení