Prostorové uspořádání molekul proteinů
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
D
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Cílem této práce bylo seznámit se s prostorovým uspořádáním molekul proteinů, s jejich získáváním, způsoby zápisu a veličinami sloužícími k jejich popisu. Predikce proteinových struktur je velice důležitá pro zjištění funkce budoucích proteinů. Dalším cílem bylo vytvoření funkce v prostředí MATLAB, která bude graficky reprezentovat prostorové uspořádání páteřní struktury proteinu formou Ramachandranova diagramu. Společně s touto funkcí vytvořit další funkci k vykreslení postraních řetězců aminokyselin a funkci k výpočtu stereochemické kvality. Nakonec vytvořit program pro kompletní vyhodnocení prostorového uspořádání molekuly proteinu a výpočtu stereochemické kvality a otestování programu na proteinových strukturách z veřejné databáze RSCB PDB.
Objective of this work was to study the spatial arrangement of protein molecules, with their extraction, notations and variables used in the course descriptions. Prediction of protein structures is very important for determining the future function of proteins. Another objective was to create a function in MATLAB that will graphically represent the spatial arrangement of the backbone structure of the protein by form Ramachandran plot. Along with this function create another function to render the side-chains of amino acids and function to calculate the stereochemical quality. Finally, create a program for a complete assessment of the spatial arrangement of the protein molecules and calculating the stereochemical quality of and test program for protein structures from public databases RSCB PDB.
Objective of this work was to study the spatial arrangement of protein molecules, with their extraction, notations and variables used in the course descriptions. Prediction of protein structures is very important for determining the future function of proteins. Another objective was to create a function in MATLAB that will graphically represent the spatial arrangement of the backbone structure of the protein by form Ramachandran plot. Along with this function create another function to render the side-chains of amino acids and function to calculate the stereochemical quality. Finally, create a program for a complete assessment of the spatial arrangement of the protein molecules and calculating the stereochemical quality of and test program for protein structures from public databases RSCB PDB.
Description
Keywords
Protein, PDB, Alfa helix, Beta list, DNA, RTG, krystalografie, NMR, spektroskopie, Ramachandranův diagram, torzní úhly, vazebné úhly, polypeptidový řetězec, Prothein, PDB, Alfa helix, Beta sheet, DNA, RTG, krystalodraphy, NMR, spectroscopy, Ramachandran plot, torsion angles, bond angles, polypeptide chain
Citation
NOVOTNÝ, J. Prostorové uspořádání molekul proteinů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2013.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Biomedicínská technika a bioinformatika
Comittee
prof. Ing. Ivo Provazník, Ph.D. (předseda)
doc. Ing. Milan Chmelař, CSc. (místopředseda)
Ing. Pavel Leinveber (člen)
MUDr. Marie Nováková, Ph.D. (člen)
doc. RNDr. Michal Masařík, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2013-06-20
Defence
Student prezentoval výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Student obhájil bakalářskou práci s výhradami a odpověděl na otázky členů komise a oponenta.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení