Grafická reprezentace genomických a proteomických sekvencí

Abstract

Úprava sekvencí DNA a jejich vhodné zobrazení je důležitou součástí analýzy, porovnání a dalšího zpracování. Úkolem této práce je seznámení s vlastnostmi genomických a proteomických sekvencí a nalezení metod pro jejich zobrazení. Z důvodu velkého množství postupů a jejich dělení, je v této práci uvedeno pouze několik zástupců. Všechny metody popsané v textu jsou dle zadání naprogramovány v prostředí Matlab. Pomocí krátkých sekvencí DNA několika živočichů jsou vyzkoušeny a porovnány s originálním výzkumem. Některé metody obsahují, vedle grafického zobrazení, i příklad dalšího zpracování, převážně podobnostní analýza. Závěrem práce je porovnání výsledků analýzy a vybrat nejvhodnější metodu.

Modification of DNA sequences and their suitable representation is important part of analysis, comparison and another processing. Goal of this paper is finding of suitable methods for representation of genomic and proteomic sequences. Because there is great number of metods, this paper will introduce only some of them. All selected methods, are described in the first part of this paper and they were programed in Matlab. Selected methods are illustrated on coding sequences of the first exon of the b-globin gene of 11 different species. Results are compared withresults from the original papers. Some methods are capable of another processing like cluster analysis. Output of this paper is comparison of results, gained from different methods, and finding the most suitable one.