Analýza mitochondriálních genů živočichů pro DNA barcoding

Abstract

Tato diplomová práce obsahuje literární rešerši na téma mitochondriální genom a DNA barcodingu. Praktická část se zabývá sestavením datasetu mitochondriálních sekvencí z databáze GenBank a vytvořením funkce pro extrakci jednotlivých genů, které jsou obsaženy v mitochondriálním genomu. Tato funkce byla vytvořena v programovém prostředí Matlab. DNA barcoding je metoda, která vytvořením čárového kódu života přiřadí každému živočišnému druhu na Zemi jeho specifickou a unikátní značku, podle které by mohl být daný jedinec snadno a rychle identifikován. Neexistuje ucelená práce zkoumající vhodnost jednotlivých mitochondriálních genů. Proto tato práce zkoumá potenciály ostatních mitochondriálních genů a hodnotí jejich účinnost pro DNA barcoding výpočtem jejich vnitrodruhových a mezidruhových variabilit.

The aim of this work is a literature review on the topic of the mitochondrial genome and DNA barcoding, building a dataset of mitochondrial sequences from GenBank database and creatione of a software function for extraction of individual genes that are present in the mitochondrial genome. This function was developed in Matlab. DNA barcoding is a method that uses short DNA sequence of mitochondrial genome for identification of species. There is no comprehensive work examining the appropriateness of different mitochondrial genes. This aim investigates the potential of other mitochondrial genes and evaluate their effectiveness for DNA barcoding and calculation of intra-and interspecific variability.