Analýza mitochondriálních genů živočichů pro DNA barcoding

Loading...
Thumbnail Image
Date
ORCID
Mark
C
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Tato diplomová práce obsahuje literární rešerši na téma mitochondriální genom a DNA barcodingu. Praktická část se zabývá sestavením datasetu mitochondriálních sekvencí z databáze GenBank a vytvořením funkce pro extrakci jednotlivých genů, které jsou obsaženy v mitochondriálním genomu. Tato funkce byla vytvořena v programovém prostředí Matlab. DNA barcoding je metoda, která vytvořením čárového kódu života přiřadí každému živočišnému druhu na Zemi jeho specifickou a unikátní značku, podle které by mohl být daný jedinec snadno a rychle identifikován. Neexistuje ucelená práce zkoumající vhodnost jednotlivých mitochondriálních genů. Proto tato práce zkoumá potenciály ostatních mitochondriálních genů a hodnotí jejich účinnost pro DNA barcoding výpočtem jejich vnitrodruhových a mezidruhových variabilit.
The aim of this work is a literature review on the topic of the mitochondrial genome and DNA barcoding, building a dataset of mitochondrial sequences from GenBank database and creatione of a software function for extraction of individual genes that are present in the mitochondrial genome. This function was developed in Matlab. DNA barcoding is a method that uses short DNA sequence of mitochondrial genome for identification of species. There is no comprehensive work examining the appropriateness of different mitochondrial genes. This aim investigates the potential of other mitochondrial genes and evaluate their effectiveness for DNA barcoding and calculation of intra-and interspecific variability.
Description
Citation
BRABENCOVÁ, K. Analýza mitochondriálních genů živočichů pro DNA barcoding [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2014.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Biomedicínské inženýrství a bioinformatika
Comittee
prof. Ing. Jiří Jan, CSc. (předseda) prof. Ewaryst Tkacz, Ph.D.,D.Sc. (místopředseda) doc. Mgr. Ctirad Hofr, Ph.D. (člen) Mgr. Helena Durnová, Ph.D. (člen) Ing. Oto Janoušek, Ph.D. (člen) Ing. Denisa Maděránková, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2014-06-11
Defence
Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Mgr. Durnová položila otázku: Vysvětlete pojem barcoding? Prof. Jan položil otázku: Vstupem byly posloupnosti dat nebo spojité signály? Mgr. Hofr položil otázku: Jaký byl rozdíl mezi daty, jejichž fylogenetické stromy byly různé? Prof. Tkacz položil otázku: Bylo v práci použito předzpracování dat, např. zarovnání? Studentka obhájila diplomovou práci s výhradami a odpověděla na otázky členů komise a oponenta. 72b.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení
DOI
Collections
Citace PRO