Vliv numerických reprezentací DNA na úspěšnost molekulární taxonomie
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
B
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Práce seznamuje s klasickou a molekulární taxonomií, které se používají ke klasifikaci organismů. Představuje směr DNA barcodingu jako možnost jak přiřadit neznámý vzorek organismu k známému druhu. Získané sekvence mitochondriální DNA při DNA barcodingu je třeba zpracovat vhodnou metodou numerické reprezentace, která bude správně informovat o příslušnosti neznámého organismu k druhům a dokáže jej tedy správně zařadit. V této práci jsou použity k porovnání sekvencí organismů celkem tři metody numerické reprezentace, a to 1. a 4. kvadrant, EIIP hodnoty a třívektorová reprezentace. V praktické části je naprogramována identifikační analýza, která přiřazuje testovaným organismům referenční organismus. Testování je provedeno na 4 referenčních souborech a 5 analyzovaných souborech. Práce shrnuje úspěšnost přiřazení správné reference pro vybrané metody numerické reprezentace.
This paper introduces the classical and molecular taxonomy used for classification of organisms. It represents the direction of DNA barcoding as a possibility to identify unknown organism. Acquired mitochondrial DNA sequences in DNA barcoding can by transform by suitable method to numerical representation that will properly inform about the organisms relationship to other taxa. In this work, we consider three methods of numerical representation: the 1st and 4th quadrant EIIP values and 3D numerical representation reduction. The practical part is programmed identification analysis, which assigns the test organisms reference organism. Testing is performed at 4 reference files and analyzed 5 files. The work summarized the success assigning the correct reference for the selected method of numerical representation.
This paper introduces the classical and molecular taxonomy used for classification of organisms. It represents the direction of DNA barcoding as a possibility to identify unknown organism. Acquired mitochondrial DNA sequences in DNA barcoding can by transform by suitable method to numerical representation that will properly inform about the organisms relationship to other taxa. In this work, we consider three methods of numerical representation: the 1st and 4th quadrant EIIP values and 3D numerical representation reduction. The practical part is programmed identification analysis, which assigns the test organisms reference organism. Testing is performed at 4 reference files and analyzed 5 files. The work summarized the success assigning the correct reference for the selected method of numerical representation.
Description
Citation
BLASCHOVÁ, E. Vliv numerických reprezentací DNA na úspěšnost molekulární taxonomie [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2014.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Biomedicínská technika a bioinformatika
Comittee
doc. Ing. Radim Kolář, Ph.D. (předseda)
doc. Ing. Aleš Drastich, CSc. (místopředseda)
Ing. Milan Blaha, Ph.D. (člen)
MUDr. Zuzana Nováková, Ph.D. (člen)
MUDr. Šárka Sekorová (člen)
Ing. Denisa Maděránková, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2014-06-18
Defence
Student prezentoval výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky.
Ing. Blaha: Skutečně je lepší identifikace druhů, než rodů? Čím je to dáno?
doc. Kolář: Jaké je srovnání s publikovanými metodami?
Student obhájil bakalářskou práci a odpověděl na otázky členů komise a oponenta.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení