Show simple item record

CpG islands search in DNA sequences

dc.contributor.advisorKubicová, Vladimíracs
dc.contributor.authorNerušil, Václavcs
dc.date.accessioned2019-05-17T03:29:56Z
dc.date.available2019-05-17T03:29:56Z
dc.date.created2015cs
dc.identifier.citationNERUŠIL, V. Vyhledávání CpG ostrůvků z DNA sekvencí [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2015.cs
dc.identifier.other86978cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/38140
dc.description.abstractDiplomová práce ze věnuje vyhledáváním CpG ostrůvků z DNA sekvencí na základě analýzy DNA spektrogramu. První část práce, teoretická, se zabývá významem CpG ostrůvku a popisem algoritmů, které se využívají nebo byly navrženy k jejich vyhledávání. Na teoretických podkladech byly realizovány dva algoritmy založené na analýze DNA spektrogramu. Jeden založen na předpokladu, že oblast CpG ostrůvku má vyšší obsah cytosinu a guaninu než oblast mimo CpG ostrůvek, a druhý na předpokladu vyššího frekvenčního výskytu CG dinukleotidu v oblasti CpG ostrůvku. Algoritmy jsou realizovány prostřednictvím programovacího rozhraní MATLAB. Za účelem zhodnocení využitelnosti a účinnosti řešení, jsou dosažené výsledky na zvolených DNA sekvencí realizovaných algoritmů porovnány s výsledky dosažených vyhledávači CpG ostrůvku, které jsou volně dostupné na internetu.cs
dc.description.abstractThis thesis focuses on searching for CpG islands of DNA sequences based on analysis of DNA spectrograms. The first part is theoretical and deals with the significance CpG island, and a description of the algorithms that are used or have been proposed for their search. The theoretical basis were implemented two algorithms based on the analysis of DNA spectrogram. One is based on the assumption that the region CpG islands has a higher content of guanine and cytosine than the region outside the CpG island and the other on the assumption of a higher frequency of occurrence of CG dinucleotides in the CpG island. The algorithms are implemented through MATLAB programming interface. For evaluation usefulness and effectiveness of solutions, results achieved on the selected DNA sequences implemented algorithms are compared with the results achieved by search engines CpG islands, which are freely available on the internet.en
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectCpGcs
dc.subjectCpG ostrůvekcs
dc.subjectDNA spektrogram.cs
dc.subjectCpGen
dc.subjectCpG islanden
dc.subjectDNA spectrogram.en
dc.titleVyhledávání CpG ostrůvků z DNA sekvencícs
dc.title.alternativeCpG islands search in DNA sequencesen
dc.typeTextcs
dcterms.dateAccepted2015-06-10cs
dcterms.modified2015-06-15-07:23:14cs
thesis.disciplineBiomedicínské inženýrství a bioinformatikacs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrstvícs
thesis.levelInženýrskýcs
thesis.nameIng.cs
sync.item.dbid86978en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2019.06.21 07:11:16en
sync.item.modts2019.05.18 19:24:13en
dc.contributor.refereeProvazník, Ivocs
dc.description.markCcs
dc.type.drivermasterThesisen
dc.type.evskpdiplomová prácecs


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record