Software pro extrakci genomických dat z GenBank formátu
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
B
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Tato bakalářská práce obsahuje literární rešerši na témata databáze GenBank, její nejpoužívanější datový formát gbk a jeho srovnání s dalšími používanými formáty sekvenčních dat. Dále práce popisuje strukturu mitochondriální DNA živočichů a rostlin, u rostlin blíže popisuje i DNA plastidovou. V praktické části se práce zaměřuje na vyhodnocení úspěšnosti automatické extrakce dat z gbk formátu pro celé mitochondriální sekvence pomocí funkce genbankread z Matlabu. A popisuje nově vytvořenou aplikaci na extrakci dat z GenBank souborů. V závěru je tato aplikace využita při analýze mitochondriálních genomů.
This bachelor thesis contains a literature review on the topic of the GenBank database, its most used flat file format gbk and its comparison with other formats of sequential data. Furthermore this thesis describes the structure of mitochondrial DNA of animals and plants and plastid DNA of plants. In the practical part of this thesis is evaluation of successful automatic data extraction from GenBank flat file format from whole mitochondrial sequences by genbankread function in Matlab. And it describes also a new application for GenBank data extraction. In the end this application is used in analyses of mitochondrial genomes.
This bachelor thesis contains a literature review on the topic of the GenBank database, its most used flat file format gbk and its comparison with other formats of sequential data. Furthermore this thesis describes the structure of mitochondrial DNA of animals and plants and plastid DNA of plants. In the practical part of this thesis is evaluation of successful automatic data extraction from GenBank flat file format from whole mitochondrial sequences by genbankread function in Matlab. And it describes also a new application for GenBank data extraction. In the end this application is used in analyses of mitochondrial genomes.
Description
Citation
JUREČKOVÁ, K. Software pro extrakci genomických dat z GenBank formátu [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2015.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Biomedicínská technika a bioinformatika
Comittee
doc. Ing. Radim Kolář, Ph.D. (předseda)
MUDr. Marie Nováková, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Denisa Maděránková, Ph.D. (člen)
Ing. Oto Janoušek, Ph.D. (člen)
Mgr. Daniel Vlk, CSc. (člen)
MUDr. Kateřina Fialová, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2015-06-17
Defence
Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky.
Studentka obhájila bakalářskou práci a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení