Show simple item record

Identification of Organisms Based on Analysis of Nucleotide Density Vectors

dc.contributor.advisorProvazník, Ivocs
dc.contributor.authorMaděránková, Denisacs
dc.date.accessioned2019-06-14T11:03:14Z
dc.date.available2019-06-14T11:03:14Z
dc.date.created2015cs
dc.identifier.citationMADĚRÁNKOVÁ, D. Identifikace organismů pomocí analýzy nukleotidových denzitních vektorů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2015.cs
dc.identifier.other88146cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/43082
dc.description.abstractVětšina metod pro analýzu genomických dat pracuje se sekvencemi v jejich symbolickém zápisu. Genomické sekvence lze považovat za formu biologického digitálního signálu, který je možné analyzovat metodami zpracování digitálních signálů. Sekvence v symbolickém zápisu však musí být před zpracováním převedeny do vhodného numerického formátu. Tato dizertační práce představuje metodu numerické reprezentace genomických dat, nukleotidové denzitní vektory, a jejich využití k molekulární identifikaci organismů. V současnosti populární DNA barcoding je přístup molekulární identifikace organismů na základě porovnávání krátkých sekvencí určitého úseku mitochondriálního genomu. V této dizertační práci navržená metoda identifikace organismů na základě porovnávání nukleotidových denzitních vektorů byla testována na rozsáhlém souboru DNA barcodingových sekvencích. Navržený způsob identifikace do druhů byl dále rozšířen a otestován na vyšší taxonomické skupiny jako je čeleď. Dále také byly pro testovací data zkonstruovány a porovnány dendrogramy ze standardně používaných evolučních vzdáleností a vzdáleností mezi nukleotidovými denzitními vektory.cs
dc.description.abstractMost methods for analysis of genomic data work with symbolic sequences. Numerically represented genomic sequences can be analyzed by signal processing methods. A new method of numerical representation of DNA sequences, nucleotide density vectors, is proposed in this thesis. Usability of this method for purposes of molecular species identification is tested on DNA barcoding sequences. DNA barcoding is modern and popular methodology based on comparison of short mitochondrial DNA sequences. Beside species identification by proposed method based on nucleotide density vectors, higher taxa rank identification (e.g. families) was also tested. Furthermore, dendrograms were constructed from standardly used evolutionary distances and distances between nucleotide density vectors and the dendrograms were compared.en
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectgenomikacs
dc.subjectnumerické reprezentacecs
dc.subjectnukleotidové denzitní vektorycs
dc.subjectDNA barcodingcs
dc.subjectmolekulární taxonomiecs
dc.subjectidentifikace druhůcs
dc.subjectgenomicsen
dc.subjectnumerical representationsen
dc.subjectnucleotide density vectorsen
dc.subjectDNA barcodingen
dc.subjectmolecular taxonomyen
dc.subjectspecies identificationen
dc.titleIdentifikace organismů pomocí analýzy nukleotidových denzitních vektorůcs
dc.title.alternativeIdentification of Organisms Based on Analysis of Nucleotide Density Vectorsen
dc.typeTextcs
dcterms.dateAccepted2015-12-17cs
dcterms.modified2015-12-18-10:07:53cs
thesis.disciplineBiomedicínská elektronika a biokybernetikacs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrstvícs
thesis.levelDoktorskýcs
thesis.namePh.D.cs
sync.item.dbid88146en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2021.11.12 11:25:28en
sync.item.modts2021.11.12 10:46:02en
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.contributor.refereeBabula, Petrcs
dc.contributor.refereeSchwarz, Danielcs
dc.description.markPcs
dc.type.driverdoctoralThesisen
dc.type.evskpdizertační prácecs
but.committeeprof. Ing. Jiří Jan, CSc. (předseda) prof. Ewaryst Tkacz, Ph.D.,D.Sc. (člen) doc. RNDr. Michal Masařík, Ph.D. (člen) doc. PharmDr. Petr Babula, Ph.D. - oponent (člen) doc. Ing. Daniel Schwarz, Ph.D. - oponent (člen)cs
but.defencecs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
but.programElektrotechnika a komunikační technologiecs
but.jazykčeština (Czech)


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record