Vyhledávání vazebních míst transkripčních faktorů
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
D
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract
V dnešní době je v molekulární biologii velice důležité zkoumat mechanismus regulace genové exprese. Genová exprese je mimo jiné regulována pomocí transkripčních faktorů, které se vážou do specifických sekvencí v regulačních regionech genů. Vyhledávání těchto specifických sekvencí je náročné, protože tyto sekvence mohou být vysoce degenerativní. Existuje několik způsobů jak vyhledávání vazebních míst transkripčních faktorů realizovat. První část práce obsahuje popis algoritmů pro vyhledávání vazebních míst, zatímco ve druhé je popsán návrh a implementace vlastního řešení pro vyhledávání vazebních míst transkripčního faktoru p53.
Nowadays, it is very important to study gene expression mechanism in molecular biology. Gene expression is also regulated by sequence specific transcription factors which binds to regulatory regions of the genes. Searching for this specific sequences can be very problematic because transcription factor binding sites can be very degenerative. There are several possible methods that can be aplied to this problem. First part of this paper describes few algorithms for transcription binding sites search. Second part contains design and implementation of algorithm for searching binding sites of transcription factor p53.
Nowadays, it is very important to study gene expression mechanism in molecular biology. Gene expression is also regulated by sequence specific transcription factors which binds to regulatory regions of the genes. Searching for this specific sequences can be very problematic because transcription factor binding sites can be very degenerative. There are several possible methods that can be aplied to this problem. First part of this paper describes few algorithms for transcription binding sites search. Second part contains design and implementation of algorithm for searching binding sites of transcription factor p53.
Description
Citation
HLÁVKA, O. Vyhledávání vazebních míst transkripčních faktorů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2013.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Bioinformatika a biocomputing
Comittee
prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda)
prof. Ing. Tomáš Vojnar, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Vladimír Bartík, Ph.D. (člen)
prof. Ing. Martin Drahanský, Ph.D. (člen)
Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen)
doc. Ing. Jan Staudek, CSc. (člen)
Date of acceptance
2013-06-19
Defence
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se pak seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm D. Otázky u obhajoby: Popíšte, podľa akých kritérií sa vyberá tzv. "vzorové vazební místo" proteínu p53, ktoré spomínate v sekciách 6.2 a 6.3. Popíšte význam technológie ChIP-on-chip z pohľadu bioinformatiky.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Přístup k plnému textu prostřednictvím internetu byl licenční smlouvou omezen na dobu 1 roku/let