Akcelerace algoritmů pro hledání triplexů v DNA sekvencích

Abstract

Triplexní formy DNA mají vliv na některé základní buněčné funkce. Informace o jejich umístění v genomech a všech vlivech na funkce organismu přesto nejsou známy. Většina algoritmů pro hledání triplexů neuvažuje důležité vlastnosti a možnost výskytu chyb. Komplexní algoritmy jsou velmi výpočetně náročné. Tato práce navrhuje způsob urychlení algoritmu, který při hledání triplexů uvažuje všechny známé informace. Akcelerací algoritmu pomocí paralelního zpracování technologií CUDA bylo dosaženo až 50-ti násobného zrychlení.

Triplex forms of DNA act as main factors of some important cell functions. However, their positions within genome and their effect on cell functions are not known well. Triplex search algorithms often don't consider many of triplexs features and the possibility of occurrence of errors. In the other hand the complexity of full featured algorithms is extremely high. This paper shows the way to speed up the algorithm that considers all known triplex features. Parallel aproach allows due to CUDA technology acceleration up to 50.