Akcelerace algoritmů pro hledání triplexů v DNA sekvencích
Acceleration of Algorithms for Triplex Detection in DNA Sequences

View/ Open
Author
Advisor
Martínek, TomášReferee
Lexa, MatejGrade
AAltmetrics
Metadata
Show full item recordAbstract
Triplexní formy DNA mají vliv na některé základní buněčné funkce. Informace o jejich umístění v genomech a všech vlivech na funkce organismu přesto nejsou známy. Většina algoritmů pro hledání triplexů neuvažuje důležité vlastnosti a možnost výskytu chyb. Komplexní algoritmy jsou velmi výpočetně náročné. Tato práce navrhuje způsob urychlení algoritmu, který při hledání triplexů uvažuje všechny známé informace. Akcelerací algoritmu pomocí paralelního zpracování technologií CUDA bylo dosaženo až 50-ti násobného zrychlení. Triplex forms of DNA act as main factors of some important cell functions. However, their positions within genome and their effect on cell functions are not known well. Triplex search algorithms often don't consider many of triplexs features and the possibility of occurrence of errors. In the other hand the complexity of full featured algorithms is extremely high. This paper shows the way to speed up the algorithm that considers all known triplex features. Parallel aproach allows due to CUDA technology acceleration up to 50.
Keywords
triplex, DNA, grafické karty, CUDA, akcelerace, triplex, DNA, graphic cards, CUDA, accelerationLanguage
čeština (Czech)Study brunch
Bioinformatika a biocomputingComposition of Committee
prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) prof. RNDr. Alexandr Meduna, CSc. (místopředseda) Ing. Vladimír Bartík, Ph.D. (člen) Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen) doc. PhDr. Karel Pala (člen) Ing. Jaroslav Rozman, Ph.D. (člen)Date of defence
2012-06-20Process of defence
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se pak seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na doplňující dotazy přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm " A ". Otázky u obhajoby: 1. Jak si vysvětlujete chování programu na krátkých sekvencích na obr. 4.1? 2. Která z vlastností hledaných sekvencí nejvíce komplikovala paralelizaci na GPU?Result of the defence
práce byla úspěšně obhájenaPersistent identifier
http://hdl.handle.net/11012/53578Source
WEISER, M. Akcelerace algoritmů pro hledání triplexů v DNA sekvencích [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2012.Collections
- 2012 [223]