Show simple item record

Comparison and Transformations of Pathway Databases

dc.contributor.advisorSmrž, Pavelcs
dc.contributor.authorNěmeček, Pavelcs
dc.date.accessioned2019-04-03T22:45:33Z
dc.date.available2019-04-03T22:45:33Z
dc.date.created2008cs
dc.identifier.citationNĚMEČEK, P. Porovnání a převod databází signálních drah [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2008.cs
dc.identifier.other25417cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/55420
dc.description.abstractTato práce se zabývá porovnáním a převodem databází signálních drah. Značná část je věnována databázím KEGG a BioCarta. V práci jsou rozebrány formáty poskytovaných dat. Při hledání překryvů drah mezi databázemi zkouším aplikovat shlukování, srovnání editační vzdálenosti názvů, porovnání genů podle čísla NCBI a nalezení ekvivalentních vazeb. Aplikace je implementována v jazyce C++ s použitím XML parseru. Výsledky jsou prezentovány ve formě textových výstupů, případně ve formě grafů zapsaných v jazyce DOT pro zpracování programem GraphViz.cs
dc.description.abstractThe main topic of this work are comparison and transformations of pathway databases. Large part is dedicated to databases KEGG and BioCarta. In work are described formats of provided data. In process of searching for overlapping pathways between databases are used clustering, edit distance, NCBI gene numbers and equivalent relationships comparison. The system was written in C++ and using XML parser. Results are text outputs, eventually files in DOT language, which can be executed with GraphViz to generate graphs.en
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectSignální dráhacs
dc.subjectdatabáze KEGGcs
dc.subjectKGMLcs
dc.subjectdatabáze BioCartacs
dc.subjectPID (Pathway Interaction Database)cs
dc.subjectGraphvizcs
dc.subjectLevenshteinova vzdálenostcs
dc.subjectNCI (National Cancer Institute)cs
dc.subjectNCBI (National Center for Biotechnology Information)cs
dc.subjectSignaling pathwayen
dc.subjectdatabase KEGGen
dc.subjectKGMLen
dc.subjectdatabase BioCartaen
dc.subjectPID (Pathway Interaction Database)en
dc.subjectGraphvizen
dc.subjectLevenshtein distanceen
dc.subjectNCI (National Cancer Institute)en
dc.subjectNCBI (National Center for Biotechnology Information)en
dc.titlePorovnání a převod databází signálních drahcs
dc.title.alternativeComparison and Transformations of Pathway Databasesen
dc.typeTextcs
dcterms.dateAccepted2008-06-12cs
dcterms.modified2014-07-17-13:53:46cs
thesis.disciplineInformační technologiecs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav počítačové grafiky a multimédiícs
thesis.levelBakalářskýcs
thesis.nameBc.cs
sync.item.dbid25417en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2019.06.20 09:20:30en
sync.item.modts2019.05.18 14:13:04en
dc.contributor.refereeŠilhavá, Janacs
dc.description.markAcs
dc.type.driverbachelorThesisen
dc.type.evskpbakalářská prácecs


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record