Akcelerace algoritmů pro porovnání biologických sekvencí s využitím FPGA
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract
Táto práca sa zaoberá implementáciou hardwarového zariadenia, ktoré porovnáva biologické sekvencie. Pri porovnávaní využíva algoritmy Smith-Waterman a Needleman-Wunsch. Zariadenie slúži ako akcelerátor bioinformatických algoritmov na vyššej úrovni. Príkladom využitia može byť analýza ľudského genómu, porovnávanie proteínu s databázou, odhaľovanie dedičných informácií. Dosiahnuté zrýchlenie sa v závislostí na danej úlohe, oproti bežnému PC pohybuje v niekoľkých rádoch.
This work describes implementation of hardware device for approximate string matching of biological sequences. Matchnig is performed using Smith-Waterman and Needleman-Wunsch algorithms. Device can be used as an accelerator for bioinformatics algorithms on higher level. This accelerator can be used for human genome analysis, matching proteins against a database, revealing inheritance information. Depending on task character, the acceleration speed up achieves several orders of magniture in comparison with conventional computers.
This work describes implementation of hardware device for approximate string matching of biological sequences. Matchnig is performed using Smith-Waterman and Needleman-Wunsch algorithms. Device can be used as an accelerator for bioinformatics algorithms on higher level. This accelerator can be used for human genome analysis, matching proteins against a database, revealing inheritance information. Depending on task character, the acceleration speed up achieves several orders of magniture in comparison with conventional computers.
Description
Citation
BECK, P. Akcelerace algoritmů pro porovnání biologických sekvencí s využitím FPGA [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. .
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Informační technologie
Comittee
Date of acceptance
Defence
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení