Akcelerace Burrows-Wheelerovy transformace s využitím GPU
Acceleration of Burrows-Wheeler Transform Using GPU
Abstract
Tato bakalářská práce se zabývá burrows-wheelerovou transformací a urychlení této transformace pomocí grafické karty. Předvedením akcelerace burrows-wheelerovy transformace na komprimační metodě. Program je napsán v jazyce C s rozšířením o syntaxi CUDA toolkitu. This paper presents accelerating of burrows-wheeler transform using graphic cards. Present this acceleration with commpression method. This program is written in C language with extension of CUDA toolkit syntax.
Keywords
Burrows-wheelerova transformace, BWT, CUDA, Burrows-wheeler transform, BWT, CUDALanguage
čeština (Czech)Study brunch
Informační technologieComposition of Committee
prof. Ing. Jan M. Honzík, CSc. (předseda) doc. Dr. Ing. Otto Fučík (místopředseda) Ing. Martin Karafiát, Ph.D. (člen) doc. Ing. Ondřej Ryšavý, Ph.D. (člen) Ing. Aleš Smrčka, Ph.D. (člen)Date of defence
2014-06-17Process of defence
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm E. Otázky u obhajoby: V práci několikrát uvádíte, že jste užil upravenou metodu "return-to-length". Můžete vysvětlit, co je to za metodu a v čem spočívala Vaše úprava? Konstatujete, že se Vám nepovedlo na GPU úlohu urychlit. Čeho úlohu (celku, vybrané části)? V čem spatřujete příčinu problému?Result of the defence
práce byla úspěšně obhájenaPersistent identifier
http://hdl.handle.net/11012/56502Source
IŠA, R. Akcelerace Burrows-Wheelerovy transformace s využitím GPU [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2014.Collections
- 2014 [305]