Show simple item record

Lactobacillus DNA analysis using real-time PCR and HRM analysis

dc.contributor.advisorTrachtová, Štěpánkacs
dc.contributor.authorAksamitová, Dagmarcs
dc.date.accessioned2018-10-21T16:34:12Z
dc.date.available2018-10-21T16:34:12Z
dc.date.created2016cs
dc.identifier.citationAKSAMITOVÁ, D. Analýza DNA Lactobacillus s využitím PCR v reálném čase a HRM analýzy [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2016.cs
dc.identifier.other84302cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/58286
dc.description.abstractK rychlé a přesné identifikaci bakterií rodu Lactobacillus, které jsou významnou součástí běžné gastrointestinální mikroflóry a fermentovaných mléčných výrobků, jsou v současné době využívány především amplifikační metody. Cílem práce bylo analyzovat možnost rozlišení vybraných bakteriálních kmenů rodu Lactobacillus pomocí metody polymerázové řetězové reakce v reálném čase v kombinaci s vysokorozlišovací analýzou křivek tání (qPCR-HRM). Celkem bylo testováno 5 primerů navržených pro qPCR HRM analýzu bakterií mléčného kvašení. Specifita použitých primerů byla současně ověřena i pomocí bioinformatické analýzy. Na základě analýzy DNA byly pro rozlišení testovaných kmenů rodu Lactobacillus jako nejvhodnější vybrány primery P1V1/P2V2, V3F/V3R a V6F/V6R. Vhodnost primerů V3F/V3R a V6F/V6R byla ověřena i na komplexním vzorku doplňku stravy, ze kterého byla DNA izolována pomocí magnetických částic. U DNA z těchto vyizolovaných buněk byla provedena vysokorozlišovací analýza křivek tání, pomocí které byla prokázána přítomnost bakterií rodu Lactobacillus. Získané výsledky se shodovaly s údaji uvedenými výrobcem.cs
dc.description.abstractThe rapid and accurate identification of the bacterium of the genus Lactobacillus, which are an important part of the normal gastrointestinal microflora and fermented dairy products are currently mainly used amplification methods. The aim of the study was to analyze the possibility of resolution of selected bacterial strains of the genus Lactobacillus, using the metod of polymerase chain reaction in the real time combined with high resolution melting curve analysis (qPCR HRM). It was tested five primers designed for qPCR-HRM analysis of lactic acid bacteria. The specificity of the primers was also verified simultaneously using bioinformatic analysis. On the basis of analysis of the DNA were selected as the most appropriate primers P1V1/P2V1, V3F/V3R and V6F/V6R. The suitability of the primers V3F/V3R and V6F/V6R was verified on a complex sample of food supplement from which the DNA was isolated using magnetic particles. The presence of bacteria of the genus Lactobacillus was performed using high resoluting melting analysis curves. The obtained results were in agreement with the information given by the manufacturer.en
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta chemickács
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectvysokorozlišovací analýza křivek tání (HRMA)cs
dc.subjectrod Lactobacilluscs
dc.subjectpolymerázová řetězová reakce (PCR)cs
dc.subjectizolace DNAcs
dc.subjectidentifikace laktobacilůcs
dc.subjectfluorescenční barvivocs
dc.subjecthigh resolution melt analysis (HRMA)en
dc.subjectgenus Lactobacillusen
dc.subjectpolymerase chain reaction (PCR)en
dc.subjectDNA isolationen
dc.subjectlactobacilli identificationen
dc.subjectfluorescent dyeen
dc.titleAnalýza DNA Lactobacillus s využitím PCR v reálném čase a HRM analýzycs
dc.title.alternativeLactobacillus DNA analysis using real-time PCR and HRM analysisen
dc.typeTextcs
dcterms.dateAccepted2016-06-02cs
dcterms.modified2016-06-06-11:00:23cs
thesis.disciplinePotravinářská chemie a biotechnologiecs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. Ústav chemie potravin a biotechnologiícs
thesis.levelInženýrskýcs
thesis.nameIng.cs
sync.item.dbid84302en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2021.11.10 13:05:43en
sync.item.modts2021.11.10 12:28:38en
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta chemickács
dc.contributor.refereeIllková, Kateřinacs
dc.description.markAcs
dc.type.drivermasterThesisen
dc.type.evskpdiplomová prácecs
but.committeeprof. RNDr. Ivana Márová, CSc. (předseda) doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (místopředseda) doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (člen) doc. Ing. Pavel Diviš, Ph.D. (člen) doc. Ing. Stanislav Obruča, Ph.D. (člen) RNDr. Renata Mikulíková, Ph.D. (člen)cs
but.defence1. Diplomantka seznámila členy komise s náplní a cílem diplomové práce. 2. Byly přečteny posudky na diplomovou práci. 3. Diplomantka akceptovala všechny připomínky oponenta a na všechny otázky odpověděla v plné šíři. Diskuse prof. Márová: V čem spočívá specifita metody ? Jak se liší sekvence u bakterií stejného rodu? doc. Obruča: Pro jaké geny byly primery použity ? Reprodukovatelnost měření ? dr. Mikulíková: Nejistota měření ?cs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
but.programChemie a technologie potravincs
but.jazykčeština (Czech)


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record