• čeština
    • English
    • русский
    • Deutsch
    • français
    • polski
    • українська
  • English 
    • čeština
    • English
    • русский
    • Deutsch
    • français
    • polski
    • українська
  • Login
View Item 
  •   Repository Home
  • Závěrečné práce
  • bakalářské práce
  • Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
  • 2016
  • View Item
  •   Repository Home
  • Závěrečné práce
  • bakalářské práce
  • Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
  • 2016
  • View Item
JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.

Nástroj pro testování kvality vícenásobného zarovnání biologických sekvencí

A tool for assessing the quality of multiple sequence alignments

Thumbnail
View/Open
review_93502.html (4.390Kb)
final-thesis.pdf (3.854Mb)
appendix-1.zip (559.3Kb)
Author
Pelikánová, Veronika
Advisor
Škutková, Helena
Referee
Maděránková, Denisa
Grade
A
Altmetrics
Metadata
Show full item record
Abstract
Tato bakalářská práce se zabývá testováním kvality vícenásobného zarovnání biologických sekvencí. Obsahuje literární rešerši veřejně dostupných nástrojů vícenásobného zarovnání. Stěžejní bod práce tkví v programu pro testování kvality vícenásobného zarovnání (vytvořené pomocí různých nástrojů, při odlišném nastavení, aj.). Program má uživatelské rozhraní vytvořené v Matlabu a je k práci přiložen společně se souborem nukleotidových a proteinových sekvencí, sestavených za účelem testování a aplikování programu. V neposlední řadě je v práci obsaženo hodnocení veřejně dostupných nástrojů vytvořené na základě výpočtů programu.
 
This thesis is dealing with quality assessment of multiple sequence alignments. It contains literature review of public available tools of multiple sequence alignments. The main part of this thesis focuses on the program on quality assessment of multiple sequence alignments (created with the help of various tools, using different settings, etc.). The program has a graphical user interface created in Matlab and is enclosed together with a set of nucleotide and protein sequences compiled for program testing and aplication. Last but not least, the thesis contains the assessment of public available tools resulting from program outputs.
 
Keywords
Vícenásobné zarovnání, vodící strom, penalizace mezer, Z-skóre, entropie, suma párů, sloupcové skóre, Multiple sequence alignment, guide tree, gap penalty, Z-score, entropie, Sum of pair, column score
Language
čeština (Czech)
Study brunch
Biomedicínská technika a bioinformatika
Composition of Committee
prof. Ing. Ivo Provazník, Ph.D. (předseda) MUDr. Marie Nováková, Ph.D. (místopředseda) Dr. Ing. Vlastimil Vondra (člen) Mgr. Daniel Vlk, CSc. (člen) Ing. Oto Janoušek, Ph.D. (člen)
Date of defence
2016-06-15
Process of defence
Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Prof. Provazník položil otázku: co znamená žlutý signál? Co znamená zelený signál? Jak byly tyto signály vytvořeny? Dr. Vondra položil otázku: byly webové nástroje propojeny přímo s MATLABem? Studentka obhájila bakalářskou práci a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.
Result of the defence
práce byla úspěšně obhájena
Persistent identifier
http://hdl.handle.net/11012/61655
Source
PELIKÁNOVÁ, V. Nástroj pro testování kvality vícenásobného zarovnání biologických sekvencí [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2016.
Collections
  • 2016 [439]
Citace PRO

Portal of libraries | Central library on Facebook
DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Contact Us | Send Feedback | Theme by @mire NV
 

 

Browse

All of repositoryCommunities & CollectionsBy Issue DateAuthorsTitlesSubjectsThis CollectionBy Issue DateAuthorsTitlesSubjects

My Account

LoginRegister

Statistics

View Usage Statistics

Portal of libraries | Central library on Facebook
DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Contact Us | Send Feedback | Theme by @mire NV