Nástroj pro testování kvality vícenásobného zarovnání biologických sekvencí
A tool for assessing the quality of multiple sequence alignments
Author
Advisor
Škutková, HelenaReferee
Maděránková, DenisaGrade
AAltmetrics
Metadata
Show full item recordAbstract
Tato bakalářská práce se zabývá testováním kvality vícenásobného zarovnání biologických sekvencí. Obsahuje literární rešerši veřejně dostupných nástrojů vícenásobného zarovnání. Stěžejní bod práce tkví v programu pro testování kvality vícenásobného zarovnání (vytvořené pomocí různých nástrojů, při odlišném nastavení, aj.). Program má uživatelské rozhraní vytvořené v Matlabu a je k práci přiložen společně se souborem nukleotidových a proteinových sekvencí, sestavených za účelem testování a aplikování programu. V neposlední řadě je v práci obsaženo hodnocení veřejně dostupných nástrojů vytvořené na základě výpočtů programu. This thesis is dealing with quality assessment of multiple sequence alignments. It contains literature review of public available tools of multiple sequence alignments. The main part of this thesis focuses on the program on quality assessment of multiple sequence alignments (created with the help of various tools, using different settings, etc.). The program has a graphical user interface created in Matlab and is enclosed together with a set of nucleotide and protein sequences compiled for program testing and aplication. Last but not least, the thesis contains the assessment of public available tools resulting from program outputs.
Keywords
Vícenásobné zarovnání, vodící strom, penalizace mezer, Z-skóre, entropie, suma párů, sloupcové skóre, Multiple sequence alignment, guide tree, gap penalty, Z-score, entropie, Sum of pair, column scoreLanguage
čeština (Czech)Study brunch
Biomedicínská technika a bioinformatikaComposition of Committee
prof. Ing. Ivo Provazník, Ph.D. (předseda) MUDr. Marie Nováková, Ph.D. (místopředseda) Dr. Ing. Vlastimil Vondra (člen) Mgr. Daniel Vlk, CSc. (člen) Ing. Oto Janoušek, Ph.D. (člen)Date of defence
2016-06-15Process of defence
Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Prof. Provazník položil otázku: co znamená žlutý signál? Co znamená zelený signál? Jak byly tyto signály vytvořeny? Dr. Vondra položil otázku: byly webové nástroje propojeny přímo s MATLABem? Studentka obhájila bakalářskou práci a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.Result of the defence
práce byla úspěšně obhájenaPersistent identifier
http://hdl.handle.net/11012/61655Source
PELIKÁNOVÁ, V. Nástroj pro testování kvality vícenásobného zarovnání biologických sekvencí [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2016.Collections
- 2016 [439]