Single Fluorescence Channel-based Multiplex Detection of Avian Influenza Virus by Quantitative PCR with Intercalating Dye
No Thumbnail Available
Date
2015-06-19
ORCID
Advisor
Referee
Mark
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Nature Publishing Group
Altmetrics
Abstract
Since its invention in 1985 the polymerase chain reaction (PCR) has become a well-established
method for amplification and detection of segments of double-stranded DNA. Incorporation of
fluorogenic probe or DNA intercalating dyes (such as SYBR Green) into the PCR mixture allowed
real-time reaction monitoring and extraction of quantitative information (qPCR). Probes with
different excitation spectra enable multiplex qPCR of several DNA segments using multi-channel
optical detection systems. Here we show multiplex qPCR using an economical EvaGreen-based
system with single optical channel detection. Previously reported non quantitative multiplex realtime
PCR techniques based on intercalating dyes were conducted once the PCR is completed by
performing melting curve analysis (MCA). The technique presented in this paper is both qualitative
and quantitative as it provides information about the presence of multiple DNA strands as well as
the number of starting copies in the tested sample. Besides important internal control, multiplex
qPCR also allows detecting concentrations of more than one DNA strand within the same sample.
Detection of the avian influenza virus H7N9 by PCR is a well established method. Multiplex qPCR
greatly enhances its specificity as it is capable of distinguishing both haemagglutinin (HA) and
neuraminidase (NA) genes as well as their ratio.
Od svého vynálezu v 1985 polymerázová řetězová reakce (PCR) se stal dobře zavedená metoda pro amplifikaci a detekci segmentů dvouřetězcové DNA. Začlenění barviva fluorogenní sondy nebo DNA interkalační (jako SYBR Green) do PCR směsi povoleno Monitorování v reálném čase a extrakce kvantitativních informací (qPCR) reakce. Sondy s různé excitační spektra umožňují multiplexní qPCR experimentu z několika segmentů DNA s využitím multi-kanálové optické systémy detekce. Zde vám ukážeme, multiplex qPCR experimentu pomocí ekonomické EvaGreen bázi Systém s jedním detekcí optickou kanálu. Dříve hlášeny non kvantitativní PCR techniky multiplex v reálném čase založené na interkalační barviva byly provedeny po PCR je dokončen provádění analýzy křivky tání (MCA). Technika uvedené v tomto dokumentu je jak kvalitativní a kvantitativní, neboť poskytuje informace o přítomnosti několika vláken DNA, jakož i počet spuštění kopií v testovaném vzorku. Kromě významnou vnitřní kontroly, multiplexní qPCR také umožňuje detekci koncentrace více než jednoho vlákna DNA ve stejném vzorku. Detekce viru ptačí chřipky H7N9 pomocí PCR je dobře zavedená metoda. Multiplex qPCR výrazně zvyšuje své specifičnosti jako je schopen rozlišit jak hemaglutinin (HA) a neuraminidázou (NA) genů, stejně jako jejich poměr.
Od svého vynálezu v 1985 polymerázová řetězová reakce (PCR) se stal dobře zavedená metoda pro amplifikaci a detekci segmentů dvouřetězcové DNA. Začlenění barviva fluorogenní sondy nebo DNA interkalační (jako SYBR Green) do PCR směsi povoleno Monitorování v reálném čase a extrakce kvantitativních informací (qPCR) reakce. Sondy s různé excitační spektra umožňují multiplexní qPCR experimentu z několika segmentů DNA s využitím multi-kanálové optické systémy detekce. Zde vám ukážeme, multiplex qPCR experimentu pomocí ekonomické EvaGreen bázi Systém s jedním detekcí optickou kanálu. Dříve hlášeny non kvantitativní PCR techniky multiplex v reálném čase založené na interkalační barviva byly provedeny po PCR je dokončen provádění analýzy křivky tání (MCA). Technika uvedené v tomto dokumentu je jak kvalitativní a kvantitativní, neboť poskytuje informace o přítomnosti několika vláken DNA, jakož i počet spuštění kopií v testovaném vzorku. Kromě významnou vnitřní kontroly, multiplexní qPCR také umožňuje detekci koncentrace více než jednoho vlákna DNA ve stejném vzorku. Detekce viru ptačí chřipky H7N9 pomocí PCR je dobře zavedená metoda. Multiplex qPCR výrazně zvyšuje své specifičnosti jako je schopen rozlišit jak hemaglutinin (HA) a neuraminidázou (NA) genů, stejně jako jejich poměr.
Description
Citation
Document type
Peer-reviewed
Document version
Published version
Date of access to the full text
Language of document
en