Vliv "zaplňovacích" činidel na interakce DNA-tenzid

Abstract

Tato diplomová práce se zabývá vlivem zaplňovacích činidel na interakce v systému DNA-tenzid. DNA o velikosti 4017 párů bází byla připravena polymerázovou řetězovou reakcí, jako templát byl použit plasmid pSB-E1g. Polyetylen glykol (PEG) byl použit jako zaplňovací činidlo a jeho vliv na DNA-tenzid interakce byl zkoumán experimenty založenými na fluorescenci a gelové elektroforéze. Také byl studován vliv iontové síly za použití NaBr na interakce DNA-tenzid za použití zaplňovacího činidla. Data byla vyhodnocena a evaluována v této práci. V úvahu byl brán i možný vliv polyetylen glykolu na kritickou micelarní koncentraci (CMC) tenzidu, bylo provedeno měření CMC pomocí ultrazvuku s vysokým rozlišením, avšak nebyl zjištěn žádný značný vliv zaplňovacího činidla na CMC tenzidu. Část této práce bude zahrnuta v publikaci s anglickým názvem Combined role of macromolecular crowding and cationic surfactant in efficient DNA condensation.

The diploma thesis focuses on DNA-surfactant interaction in crowding environment. DNA of 4017 base pair size was prepared using polymerase chain reaction and template plasmid pSB-E1g. The crowding environment was mimicked by polyethylene glycol and its effect on the interactions of DNA-surfactant system was investigated by dye exclusion study, electrophoretic mobility shift assay and DNase protection assay. Also the effect of ionic strength on DNA-surfactant interaction in crowding environment, using NaBr, was investigated. Data were evaluated and discussed in this work. The effect of crowding agent on surfactant CMC was studied using high resolution ultrasonic velocity. It was found that there is no significant effect of PEG on surfactant CMC. This work is going to be part of the scientific publication with title Combined role of macromolecular crowding and cationic surfactant in efficient DNA condensation.