Show simple item record

Bipartite graphs for microbiome analysis

dc.contributor.advisorSedlář, Karelcs
dc.contributor.authorŠafárová, Marcelacs
dc.date.accessioned2019-04-04T03:40:06Z
dc.date.available2019-04-04T03:40:06Z
dc.date.created2017cs
dc.identifier.citationŠAFÁROVÁ, M. Bipartitní grafy pro analýzu mikrobiomů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2017.cs
dc.identifier.other102378cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/65484
dc.description.abstractMikroorganismy se vyskytují ve velkém množství prakticky všude kolem nás. Některé přežívají dokonce i v našem těle a jsou nutné pro správné fungování organismu. Studium mikrobiálních společenstev na základě souboru jejich genetické informace se stalo velmi populární s rozvojem nových technologií umožňujících snadné čtení DNA či RNA. Klíčovou úlohou těchto studií je obvykle charakterizovat významné mikrobiální vzory prostředí. V současné době využívané vizualizační nástroje však mají pro takové analýzy mnoho nedostatků. Předmětem této práce je návrh R/Bioconductor balíčku pro tvorbu bipartitních grafů z mikrobiálních dat, které mají pro analýzu mikrobiomů mnoho výhod. Benefity této vizualizační metody jsou dále předvedeny na analýze hlavních parametrů ovlivňujících počítačové zpracování mikrobiálních dat.cs
dc.description.abstractMicroorganisms are all around us. Some of them even live in our body and are essential for our healthy being. Study of microbial communities based on their genetic content has become very popular with the development of new technologies, which enable easy reading of DNA or RNA. The key role of these studies is usually to characterize significant microbial patterns of an environment. However, currently used visualization tools have many drawbacks for such analyses. The subject of this thesis is to design a R/Bioconductor package for simple creation of bipartite graphs from microbial data. This type of visualization brings many advantages for microbiome analysis. Benefits of bipartite graphs are further demonstrated by analysis of main parameters affecting computer processing of microbial data.en
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectstudium mikrobiomůcs
dc.subjectvizualizace datcs
dc.subjectbipartitní grafcs
dc.subjectdetekce komunitcs
dc.subjectOTU pickingcs
dc.subjectQIIMEcs
dc.subjectstudy of microbiomeen
dc.subjectdata visualizationen
dc.subjectbipartite graphsen
dc.subjectcommunity detectionen
dc.subjectOTU pickingen
dc.subjectQIIMEen
dc.titleBipartitní grafy pro analýzu mikrobiomůcs
dc.title.alternativeBipartite graphs for microbiome analysisen
dc.typeTextcs
dcterms.dateAccepted2017-06-07cs
dcterms.modified2017-06-08-15:30:32cs
thesis.disciplineBiomedicínské inženýrství a bioinformatikacs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrstvícs
thesis.levelInženýrskýcs
thesis.nameIng.cs
sync.item.dbid102378en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2021.11.12 19:11:30en
sync.item.modts2021.11.12 18:40:05en
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.contributor.refereeProvazník, Ivocs
dc.description.markAcs
dc.type.drivermasterThesisen
dc.type.evskpdiplomová prácecs
but.committeeprof. Ing. Ivo Provazník, Ph.D. (předseda) doc. Ing. Jana Kolářová, Ph.D. (místopředseda) RNDr. Petr Fuchs, Ph.D. (člen) doc. Ing. Jana Drbohlavová, Ph.D. (člen) Ing. Helena Škutková, Ph.D. (člen) Ing. Jan Červený, Ph.D. (člen)cs
but.defenceStudentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Ing. Škutková položila otázku: Bude vytvořený balík funkcí dostupný? Jaká je časová náročnost zpracování? Prof. Provazník položil otázku: Jsou použitá data dostupná v databázích? Jaké všechny informace jsou dostupné? Studentka obhájila diplomovou práci.cs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
but.programBiomedicínské inženýrství a bioinformatikacs
but.jazykčeština (Czech)


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record