Metody zpracování sekvenačních dat technologie Oxford Nanopore pro účely metagenomiky
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Revolučná technológia sekvenovania od spoločnosti Oxford Nanopore Technologies – MinION, predstavuje veľkú nádej v oblasti metagenomiky. Nízka cena, produkovanie dlhých čítaní a prenosnosť, vďaka malým rozmerom, predstavuje len jednu z mnohých výhod tejto technológie. Napriek týmto benefitom je tu však nedostatok dostupných výpočtových nástrojov, ktoré by nám umožnili plne zaobchádzať s produkovanými dátami. V úvode tejto bakalárskej práce sú predstavené terajšie sekvenačné technológie so zameraním sa na technológie tretej generácie, predovšetkým na spomínané nanopórové sekvenovanie. V práci sú uvedené aj súčasné možnosti vizualizácie metagenomických dát. Hlavným cieľom tejto práce je vytvoriť algoritmus, ktorý za pomoci aplikácie metód redukcie dimenzionality priamo na surové dáta, produkované nanopórovým sekvenovaním, bude realizovať tzv. binning metagenomických vzoriek.
The revolutionary sequencing technology introduced by Oxford Nanopore Technologies – MinION holds a great promise in the field of metagenomics. Low cost, produced long reads and portability, due to its small dimensions, represents only one of the many advantages of this technology. Despite the benefits, there is a lack of available computational tools for handling the produced data. The theoretical part of the thesis first introduces current sequencing technologies with main focus on the third-generation sequencing and especially on nanopore sequencing. The recent possibilities of metagenomic data visualization are introduced. The main purpose of the bachelor thesis is to make an algorithm for binning of metagenomic samples based on use of dimensionality reduction techniques straight on raw data produced by nanopore sequencing.
The revolutionary sequencing technology introduced by Oxford Nanopore Technologies – MinION holds a great promise in the field of metagenomics. Low cost, produced long reads and portability, due to its small dimensions, represents only one of the many advantages of this technology. Despite the benefits, there is a lack of available computational tools for handling the produced data. The theoretical part of the thesis first introduces current sequencing technologies with main focus on the third-generation sequencing and especially on nanopore sequencing. The recent possibilities of metagenomic data visualization are introduced. The main purpose of the bachelor thesis is to make an algorithm for binning of metagenomic samples based on use of dimensionality reduction techniques straight on raw data produced by nanopore sequencing.
Description
Citation
BARILÍKOVÁ, L. Metody zpracování sekvenačních dat technologie Oxford Nanopore pro účely metagenomiky [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2018.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Biomedicínská technika a bioinformatika
Comittee
prof. Ing. Ivo Provazník, Ph.D. (předseda)
doc. Ing. Martin Černý, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Marina Ronzhina, Ph.D. (člen)
Ing. Oto Janoušek, Ph.D. (člen)
Ing. Vratislav Čmiel, Ph.D. (člen)
MUDr. Marie Nováková, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2018-06-14
Defence
Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Ing. Janoušek položil otázku: Měla jste teoretické podklady pro volbu parametrů metody t-SNE? Ing. Ronzhina položila otázku: Můžete popsat princip metody t-SNE? Studentka obhájila bakalářskou práci a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení