Využití strojového učení pro predikci vlivu mutací na stabilitu proteinů

Loading...
Thumbnail Image
Date
ORCID
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract
Táto práca sa zaoberá predikciou vplyvu aminokyselinových mutácií na stabilitu proteínu. Cieľom bolo vytvorenie nástroja klasifikujúceho výsledný charakter mutácie s využitím kombinácie viacerých metód strojového učenia. Implementovaný prístup kombinujúci metódy SVM a Random Forest dosiahol lepšie výsledky ako použitie metód samostatne. Nástroj bol porovnaný s dostupnými nástrojmi na nezávislom datasete na ktorom dosiahol úspešnosť predikcie 67 % a koreláciu 0,3.
The main focus of this thesis is the prediction of the effect of amino acid substitutions on protein stability. My goal was to develop a predictive tool for the classification of the effect of mutations by combining several machine learning techniques. The implemented predictor, which utilizes SVM and Random forest methods, has achieved higher accuracy than any of the integrated methods. The novel predictive tool was compared with the existing ones using independent testing dataset. The predictor has yield 67 % accuracy and MCC 0,3.
Description
Citation
DÚBRAVA, J. Využití strojového učení pro predikci vlivu mutací na stabilitu proteinů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2018.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Informační technologie
Comittee
prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) prof. Ing. Jan M. Honzík, CSc. (místopředseda) Ing. Radek Kočí, Ph.D. (člen) Ing. Zbyněk Křivka, Ph.D. (člen) Ing. Igor Szőke, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2018-06-12
Defence
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm A. Otázky u obhajoby: Které z vybraných vlastností měly nejvyšší vliv na přesnost predikce? Zkušel jste porovnat přesnost Felesteinova algoritmu pro výpočet konzervovanosti s ostatními přístupy?
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení
DOI
Collections
Citace PRO