SIKOROVÁ, E. Vyhledávání CpG ostrůvků pomocí nukleotidových denzitních vektorů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2013.

Posudky

Posudek vedoucího

Maděránková, Denisa

Předložená bakalářská práce je kvalitní jak z formálního, tak i odborného hlediska. K vypracování studentka přistupovala aktivně a zodpovědně. Práce neobsahuje nadbytečný text a 9 stran teoretického úvodu je naprosto dostatečných. Popis používaných přístupů k vyhledávání CpG ostrůvků je dobře srozumitelný. V praktické části byla realizována uživatelsky jednoduchá aplikace pro vyhledávání CpG ostrůvků. Aplikace je plně funkční a její jednotlivé části jsou dobře popsány. Bylo provedeno testování na uměle vytvořených sekvencích a také byl testován vliv velikosti výpočetního okna a nastavení detekčního prahu. Studentka analyzovala soubor sekvencí pomocí své aplikace a dalších dvou volně dostupných vyhledávačů CpG. Výsledky analýzy jsou přehledně uvedeny a dobře diskutovány. Byly splněny všechny body zadání.

Navrhovaná známka
A
Body
98

Posudek oponenta

Provazník, Ivo

Studentka Eva Sikorová se ve své práci zabývala bioinformatickými metodami pro vyhledávání CpG ostrůvků v DNA sekvencích s využitím numerického zpracování. Text práce je v rozsahu 45 stran (bez příloh) a obsahuje seznam 24 relevantních odborných pramenů. Po formální stránce je práce standardně zpracovaná, úprava textu, popisy obrázků a číslování jsou akceptovatelné. Jednotlivé kapitoly jsou logicky řazeny. Nevhodně je řešen pouze začátek kapitoly 2 - Praktická část. Zde autorka začíná popisem uživatelského rozhraní, zatímco popis zvolené metody je uveden až následně. Práce obsahuje poněkud nezvykle pouze 2 kapitoly. Pro přehlednost by bylo lepší text 2. kapitoly rozdělit do standardních částí: návrh metody, realizace, výsledky, diskuse. Tabulky č. 2, 4 a 9 jsou nepřehledné, neboť obsahují kompletní popis začátků a konců úseků detekovaných jednotlivými metodami. Vytvořený software je funkční a snadno použitelný. Pro jeho spuštění však bylo nutné přejmenovat volanou funkci dle skutečnosti. Z hlediska cílů práce je podstatná odchylka od reference, případně odchylky mezi metodami a celková úspěšnost detekce. Na práci však oceňuji pečlivé provedení testů a popis výsledků. Práce je tím užitečná a na její výsledky lze navázat.

Navrhovaná známka
A
Body
90

eVSKP id 65424