Show simple item record

Influence of a composition of hybridization mixtures on fluorescence intensity during the in-situ hybridization

dc.contributor.advisorVojtěch,, Hudzieczeken
dc.contributor.authorJaníček, Tomášen
dc.date.accessioned2019-06-14T11:40:10Z
dc.date.available2019-06-14T11:40:10Z
dc.date.created2019cs
dc.identifier.citationJANÍČEK, T. Vliv hybridizačních směsí na intenzitu fluorescence při in situ hybridizaci [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2019.cs
dc.identifier.other117734cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/177506
dc.description.abstractFluorescenční in situ hybridizace (FISH) je široce používaná metoda pro detekci určité sekvence DNA na chromozomech. Cílem práce je porovnání tří různých chemických sloučenin (formamidu, ethylenkarbonátu a sodných kationtů) používaných ve směsích pro in situ hybridizaci. Složení těchto směsí ovlivňuje renaturaci DNA a je důležité porovnat jejich fyzikální vlastnosti. Práce je rozdělena do dvou hlavních částí. První část se zabývá otázkou termodynamických parametrů používaných pro experimenty FISH, jako je teplota tání, entalpie přechodu DNA ze dvoušroubovice na vlákno nám dává přehled o energii potřebné k tomto přechodu a interakcích mezi bázemi a každou složkou směsi. Kromě toho hodnoty entropie určují poř uvnitř směsi - systém DNA. Druhá část porovnává intenzitu fluorescenčního signálu při optimalizovaných teplotách tání sondy použité pro in situ hybridizaci. Jako sonda byla použita sub-telomerní repetice X43.1, která je umístěna na Y chromozomu rostlinného modelového organismu Silene latifolia. Směs obsahující formamid má nejlepší výkon při delším postupu hybridizace, zatímco ethylenkarbonát poskytuje vyšší intenzitu signálu, a proto je vhodnější pro rychlé FISH protokoly.en
dc.description.abstractFluorescence in situ hybridization (FISH) is widely used method for detection of certain DNA sequence on the chromosomes. The goal of this thesis is a comparison of three different chemical compounds (formamide, ethylene carbonate and sodium cations) used in mixtures for in situ hybridization. All three mentioned compoundsi nfluence renaturation of DNA and it is interesting to compare their physical properties. This thesis is split into two major parts. First part deals with question of thermodynamic parameters used for FISH experiments, such as melting temperature. Determining enthalpy of helix-coil transition give us insight about newly established bounds between bases and each mixture composition. In addition, entropy values determine the order inside mixture – DNA system. Second part compares optimized probe melting temperatures used for in situ hybridization and obtained mean fluorescence signal intensity. As a probe was used sub-telomeric X43.1 repeat, which is located on the Y-chromosome of plant model organism Silene latifolia. The mixture containing formamide has the best performance during longer hybridization procedure, whereas ethylene carbonate yielded higher signal intensity and therefore it is more suitable for fast FISH protocols.cs
dc.language.isoencs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta chemickács
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectFluorescencční in situ hybridizaceen
dc.subjectprůmerná intenzita fluorescenceen
dc.subjecthybridizační směsien
dc.subjectthermochemieen
dc.subjectteplota táníen
dc.subjectSilene latifoliaen
dc.subjectFluorescence in situ hybridizationcs
dc.subjectmean fluorescence intensitycs
dc.subjecthybridization mixturescs
dc.subjectthermochemistrycs
dc.subjectmelting temperaturecs
dc.subjectSilene latifoliacs
dc.titleVliv hybridizačních směsí na intenzitu fluorescence při in situ hybridizacien
dc.title.alternativeInfluence of a composition of hybridization mixtures on fluorescence intensity during the in-situ hybridizationcs
dc.typeTextcs
dcterms.dateAccepted2019-05-29cs
dcterms.modified2019-05-29-17:34:20cs
thesis.disciplineChemie pro medicínské aplikacecs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. Ústav fyzikální a spotřební chemiecs
thesis.levelInženýrskýcs
thesis.nameIng.cs
sync.item.dbid117734en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2019.06.14 13:40:10en
sync.item.modts2019.05.29 20:26:24en
dc.contributor.refereeKejík, Lukášen
dc.description.markBcs
dc.type.drivermasterThesisen
dc.type.evskpdiplomová prácecs


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record