• čeština
    • English
    • русский
  • English 
    • čeština
    • English
    • русский
  • Login
View Item 
  •   Repository Home
  • Závěrečné práce
  • diplomové práce
  • Fakulta informačních technologií
  • 2007
  • View Item
  •   Repository Home
  • Závěrečné práce
  • diplomové práce
  • Fakulta informačních technologií
  • 2007
  • View Item
JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.

Techniky pro získávání dat v genomice

Genomic Data Mining Techniques

Thumbnail
View/Open
final-thesis.pdf (2.625Mb)
review_15207.html (1.437Kb)
Author
Jaša, Petr
Advisor
Burgetová, Ivana
Referee
Křivka, Zbyněk
Grade
B
Altmetrics
Metadata
Show full item record
Abstract
Tato práce si v první řadě klade za cíl představit některé běžné techniky pro získávání dat v genomice a v další řadě naimplementovat vlastní algoritmus vycházející z originální verze algoritmu BLAST jako zástupce zmíněných technik. Práce se konkrétně zaměřuje na DNA sekvence, které v sobě uchovávají genetickou informaci, jež je předlohou živých organismů. Pro rozluštění této informace se používá řada technik. Tento text popisuje algoritmus Fasta a algoritmy rodiny BLAST. Pomocí těchto algoritmů je možné získat o sekvencích DNA, u kterých je známá pouze jejich primární struktura, mnoho důležitých informací. Princip algoritmů spočívá v zarovnání jedné vzorové sekvence DNA, ze které chceme získat informace, s mnoha sekvencemi uloženými v databázi. Ze zarovnání je pak možné u vzorové sekvence, na základě míry její podobnosti se sekvencemi databáze, stanovit s určitou pravděpodobností mnoho různých vlastností.
 
First of all, this thesis sets itself a goal to introduce some common technics for datamining in genomics and as a next step to implement own algorithm like algorithm BLAST. In the concrete, this work is pointed to sequences of DNA. The DNA sequence contains in itself genetic information, which is template for living organism. For explanation this information can be used number of technics. This paper describes algorithm Fasta and algorithms from BLAST family. With these algorithms, it is possible to gain a lot of important information even about such DNA sequences, where only primary structure is known. Principle of these algorithms is based on alignments of one query sequence, which we want to obtain some information from, with many sequences stored in database. According to result alignment, it is possible to determine many features of the query sequence.
 
Keywords
BLAST, Fasta, DNA, RNA, sekvence DNA, nukleotid, báze, adenosin, cytosin, guanin, tymin, dynamické programování, porovnání, zarovnání, vyhledávání, BLAST, Fasta, DNA, RNA, sequence of DNA, nucleotid, base, adenosine, cytosine, guanine, thymine, dynamic programming, comparison, alignment, searching
Language
čeština (Czech)
Study brunch
Informační systémy
Composition of Committee
Date of defence
2007-06-19
Process of defence
Result of the defence
práce byla úspěšně obhájena
Persistent identifier
http://hdl.handle.net/11012/187547
Source
JAŠA, P. Techniky pro získávání dat v genomice [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2007.
Collections
  • 2007 [94]
Citace PRO

Portal of libraries | Central library on Facebook
DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Contact Us | Send Feedback | Theme by @mire NV
 

 

Browse

All of repositoryCommunities & CollectionsBy Issue DateAuthorsTitlesSubjectsThis CollectionBy Issue DateAuthorsTitlesSubjects

My Account

LoginRegister

Statistics

View Usage Statistics

Portal of libraries | Central library on Facebook
DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Contact Us | Send Feedback | Theme by @mire NV