Show simple item record

Development of components for processing and visualization of proteomic data in KNIME environment

dc.contributor.advisorMgr. David Potěšil, Ph.Dcs
dc.contributor.authorSchneiderová, Annacs
dc.date.accessioned2020-06-24T07:57:09Z
dc.date.available2020-06-24T07:57:09Z
dc.date.created2020cs
dc.identifier.citationSCHNEIDEROVÁ, A. Vývoj komponent pro zpracování a vizualizaci proteomických dat v prostředí KNIME [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2020.cs
dc.identifier.other126724cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/190319
dc.description.abstractProteomika je věda, která se zabývá studiem struktur a funkcí proteinů. Proces zpracování proteomickýh dat obsahuje několik sekvenčních kroků, od transformace dat a jejich normalizace až po statistické vyhodnocení dat. Nedílnou součástí zpracování proteomických dat je i jejich vizualizace, která je klíčová např. v kontrole kvality vstupních dat i zhodnocení výstupů statistického vyhodnocení. Ve Výzkumné skupině Zbyňka Zdráhala používají pro reprodukovatelné zpracování proteomických dat softwarový kontejner s aplikací KNIME. V rámci bakalářské práce byl proveden průzkum požadavků na vývoj nových komponent pro aplikaci KNIME. Z navržených komponent byl vybrán pro implementaci interaktivní Volcano plot. Pro implementaci byl použit programovací jazyk Python s knihovnou Dash. Vytvořenou aplikaci je možné spustit samostatně nebo jako komponentu v prostředí KNIME pro práci s daty v tomto prostředí. Interaktivní aplikace Volcano plot usnadňuje identifikaci a filtrování dat v grafu.cs
dc.description.abstractProteomics investigates the structure and function of proteins. The proteomic data processing involves several sequential steps, from data transformation and normalization to statistical data evaluation. An integral part of processing proteomic data is also their visualization, which is key for example in the control of input data quality and assessment of statistical evaluation outputs. In the Zbyněk Zdráhal Research Group, a software container is used with KNIME application for reproducible processing of proteomic data. As a part of the bachelor’s thesis, a request survey for new components for KNIME application was carried out. An interactive Volcano plot was chosen for implementation from the proposed components. Python programming language using Dash library was used for implementation. The application can be run independently or as a component of the KNIME environment for working with data from KNIME workflows. The interactive Volcano plot application makes it easy to identify and filter proteomic data.en
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectvizualizacecs
dc.subjectproteomikacs
dc.subjecthmotnostní spektrometriecs
dc.subjectinteraktivní aplikacecs
dc.subjectvolcano plotcs
dc.subjectsoftwarový kontejnercs
dc.subjectvisualizationen
dc.subjectproteomicsen
dc.subjectmass spectrometryen
dc.subjectinteractive applicationsen
dc.subjectvolcano ploten
dc.subjectsoftware containeren
dc.titleVývoj komponent pro zpracování a vizualizaci proteomických dat v prostředí KNIMEcs
dc.title.alternativeDevelopment of components for processing and visualization of proteomic data in KNIME environmenten
dc.typeTextcs
dcterms.dateAccepted2020-06-23cs
dcterms.modified2020-06-23-11:14:41cs
thesis.disciplineBiomedicínská technika a bioinformatikacs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrstvícs
thesis.levelBakalářskýcs
thesis.nameBc.cs
sync.item.dbid126724en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2020.06.24 09:57:09en
sync.item.modts2020.06.24 08:13:39en
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.contributor.refereeTauš, Petrcs
dc.description.markAcs
dc.type.driverbachelorThesisen
dc.type.evskpbakalářská prácecs
but.committeeprof.Ing. Marek Penhaker, Ph.D. (předseda) Ing. Martin Mézl, Ph.D. (místopředseda) Mgr. Ing. Karel Sedlář, Ph.D. (člen) Ing. Jiří Sekora (člen) Mgr. Vladan Bernard, Ph.D. (člen) MUDr. Michal Jurajda, Ph.D. (člen)cs
but.defenceStudentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Studentka odpověděla na otázky oponenta, proč byla dána přednost Dash před Shiny a kdo je cílovou skupinou uživatelů vytvořené aplikace? Ing. Sedlář položil otázku, pro jaký statistický test je uvedena p-hodnota? Studentka obhájila bakalářskou práci a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.cs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
but.programBiomedicínská technika a bioinformatikacs
but.jazykčeština (Czech)


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record