Show simple item record

Bacteria Classification into Taxonomic Categories Based on Properties of 16s rRNA

dc.contributor.advisorSmatana, Stanislavsk
dc.contributor.authorGrešová, Katarínask
dc.date.accessioned2020-07-20T19:57:56Z
dc.date.available2020-07-20T19:57:56Z
dc.date.created2020cs
dc.identifier.citationGREŠOVÁ, K. Klasifikace bakterií do taxonomických kategorií na základě vlastností 16s rRNA [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2020.cs
dc.identifier.other129293cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/192475
dc.description.abstractHlavným cieľom tejto práce bolo navrhnúť a implementovať nástroj, ktorý by bol schopný klasifikovať sekvencie génu 16S rRNA do taxonomických kategórií s využitím vlastností génu 16S rRNA. Vytvorený nástroj analyzuje všetky vstupné sekvencie súčasne, čím sa líši od bežných klasifikačných prístupov, ktoré klasifikujú vstupné sekvencie jednotlivo. Tento nástroj využíva znalosť, že baktérie obsahujú niekoľko kópií génu 16S rRNA, ktoré sa môžu svojou sekvenciou odlišovať. Jedným z hlavných prínosov tejto práce je práve návrh, implementácia a vyhodnotenie schopností tohto nástroja. Experimenty ukázali, že navrhnutý nástroj je pre menšie dátové sady schopný identifikovať odpovedajúce baktérie a určiť správne pomery ich abundancií. Pri väčších dátových sadách sa však prehľadávaný priestor stáva veľmi rozsiahly a členitý, čo vyžaduje ďalšie vylepšenia navrhovaného nástroja, aby bol stavový priestor schopný prehľadávať efektívne.sk
dc.description.abstractThe main goal of this thesis was to design and implement a tool that would be able to classify the sequences of the 16S rRNA gene into taxonomic categories using the properties of the 16S rRNA gene. The created tool analyzes all input sequences simultaneously, which differs from common classification approaches, which classify input sequences individually. This tool relies on the fact that bacteria contain several copies of the 16S rRNA gene, which may differ in sequence. The main contribution of this work is design, implementation and evaluation of the capabilities of this tool. Experiments have shown that the proposed tool is able to identify the corresponding bacteria for smaller datasets and determine the correct ratios of their abundances. However, with larger datasets, the state space becomes very large and fragmented, which requires further improvements in order for it to search the state space in an efficient way.en
dc.language.isoskcs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectmetagenomikask
dc.subject16S rRNAsk
dc.subjectkópie génu 16S rRNAsk
dc.subjectsekundárna štruktúra RNAsk
dc.subjecttaxonomická klasifikáciask
dc.subjectMetropolis-Hastingssk
dc.subjectmetagenomicsen
dc.subject16S rRNAen
dc.subjectcopies of 16S rRNA geneen
dc.subjectRNA secondary structureen
dc.subjecttaxonomic classificationen
dc.subjectMetropolis-Hastingsen
dc.titleKlasifikace bakterií do taxonomických kategorií na základě vlastností 16s rRNAsk
dc.title.alternativeBacteria Classification into Taxonomic Categories Based on Properties of 16s rRNAen
dc.typeTextcs
dcterms.dateAccepted2020-07-15cs
dcterms.modified2020-07-17-14:42:11cs
thesis.disciplineBioinformatika a biocomputingcs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav počítačových systémůcs
thesis.levelInženýrskýcs
thesis.nameIng.cs
sync.item.dbid129293en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2020.07.20 21:57:56en
sync.item.modts2020.07.18 08:14:24en
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta informačních technologiícs
dc.contributor.refereeHon, Jiřísk
dc.description.markAcs
dc.type.drivermasterThesisen
dc.type.evskpdiplomová prácecs
but.committeeprof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) doc. Ing. Jiří Jaroš, Ph.D. (místopředseda) Ing. Michal Bidlo, Ph.D. (člen) RNDr. Milan Češka, Ph.D. (člen) Ing. Lukáš Kekely, Ph.D. (člen) Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen)cs
but.defenceStudentka nejprve prezentovala výsledky, kterých dosáhla v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Studentka následně odpověděla na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studentky na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm výborně Otázky u obhajoby: V práci nejsou uvedeny žádné existující nástroje pro danou úlohu. Existují nějaké? Jak bude ovlivněn výstup vašeho algoritmu, pokud bude vstup obsahovat geny neznámých bakterií? Mohla byste použít i jinou metodu pro prohledávání stavového prostoru, než je prezentovaný algoritmus Metropolis Hastings? Jaké by to případně mělo výhody a nevýhody?cs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
but.programInformační technologiecs
but.jazykslovenština (Slovak)


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record