Show simple item record

Application for the Data Processing in the Area of Evolutionary Biology

dc.contributor.advisorOčenášek, Pavelcs
dc.contributor.authorVogel, Ivancs
dc.date.accessioned2018-10-21T17:08:51Z
dc.date.available2018-10-21T17:08:51Z
dc.date.created2011cs
dc.identifier.citationVOGEL, I. Aplikace pro zpracování dat z oblasti evoluční biologie [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2011.cs
dc.identifier.other42374cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/52775
dc.description.abstractTvorba fylogenetických stromů je v současnosti běžnou vizualizační metodou na vyjádření evolučních vztahů druhů. Tato práce se soustředí na vysvětlení matematické teorie popisující molekulární fylogenetiku a na návrh modifikovaného algoritmu na odvozování evolučního stromu založeného na vnitroskupinové analýze nukleotidových a aminokyselinových sekvencí. Dále popisuje objektový návrh a implementaci těchto metod v jazyce Python a integraci nástroje do velkého bioinformatického portálu. Navžená řešení dávají lepší výsledky oproti konvenčním metodám při zhlukování předdefinovaných shluků a jsou co do vstupních dat široce použitelné.   Práce také závěrem diskutuje možné jiné aplikace navrhnutých metod a ich rozšíření na iné obory informačních technologií.cs
dc.description.abstractPhylogenetic tree inference is a very common method for visualising evolutionary relationships among species. This work focuses on explanation of mathematical theory behind molecular phylogenetics as well as design of a modified algorithm for phylogenetic tree inference based on intra-group analysis of nucleotide and amino acid sequences. Furthermore, it describes the object design and implementation of the proposed methods in Python language, as well as its integration into powerful bioinformatic portal. The proposed modified algorithmic solutions give better results comparing to standard methods, especially on the field of clustering of predefined groups. Finally, future work as well as an application of proposed methods to other fields of information technology are discussed.en
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectsubstituční modelcs
dc.subjectfylogenetický stromcs
dc.subjectmarkovský řetězeccs
dc.subjectvnitroskupinová analýzacs
dc.subjectneighbor-joiningcs
dc.subjectMobylecs
dc.subjectsubstitution modelen
dc.subjectphylogenetic treeen
dc.subjectMarkov chainen
dc.subjectintragroup analysisen
dc.subjectneighbor-joiningen
dc.subjectMobyleen
dc.titleAplikace pro zpracování dat z oblasti evoluční biologiecs
dc.title.alternativeApplication for the Data Processing in the Area of Evolutionary Biologyen
dc.typeTextcs
dcterms.dateAccepted2011-06-20cs
dcterms.modified2020-05-09-23:41:04cs
thesis.disciplineBioinformatika a biocomputingcs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav informačních systémůcs
thesis.levelInženýrskýcs
thesis.nameIng.cs
sync.item.dbid42374en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2020.06.23 09:11:53en
sync.item.modts2020.06.23 08:23:57en
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta informačních technologiícs
dc.contributor.refereeBurgetová, Ivanacs
dc.description.markAcs
dc.type.drivermasterThesisen
dc.type.evskpdiplomová prácecs
but.committeeprof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) prof. Ing. Tomáš Vojnar, Ph.D. (místopředseda) Ing. Ivana Burgetová, Ph.D. (člen) Doc. Ing. Jaroslav Dočkal, CSc. (člen) doc. Dr. Ing. Otto Fučík (člen) doc. Ing. František Zbořil, Ph.D. (člen)cs
but.defenceStudent nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se pak seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm A . Otázky u obhajoby: Jak se v aplikaci provádí překlad sekvence aminokyselin do sekvence nukleotidů? (Jedná se o jeden z požadavků na vytvářenou aplikaci uvedený na straně 31.) V rámci diplomové práce byl implementován i algoritmus TDCG pro tvorbu fylogenetických stromů. Jakých výsledků dosahoval tento algoritmus při testech na reálných datech v porovnání s ostatními implementovanými algoritmy.cs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
but.programInformační technologiecs
but.jazykčeština (Czech)


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record