Vyhledávání přibližných palindromů v DNA sekvencích

Divila, Jaroslav

Approximate Palindrome Detection in DNA Sequences

Grade

Alternative metrics PlumX

Altmetrics

http://hdl.handle.net/11012/53667

Metadata

Show full item record

Abstract

Tato práce se zabývá návrhem a implementací nástroje pro vyhledávání přibližných palindromů v sekvencích DNA. Zaměřuje se na popis DNA struktury, významu palindromů v DNA sekvencích a na popis metod pro vyhledávání přibližných palindromů. Hlavní část práce je zaměřena na návrh a popis implementace nástroje pro vyhledávání přibližných palindromů.

This work deals with conception and implemetation of tools for finding approximate palindromes in DNA sequences. The work focuses on the description of DNA structure, and on the function of palindromes in DNA sequences, and on the description of methods for finding approximate palindromes. Main part of thesis is focused on conclusion and description of implementation approximate palidromes finding tool.

Keywords

DNA, přibližné palindromy, vyhledávání palindromů, vyhledávání palindromů se smyčkou, sufixové stromy, sufixová pole, dynamické programování, vlásenky, křížové struktury, DNA, approximate palindromes, palidrome detection, stem-loop detection, suffix tree, suffix array, dynamics programming, hairpin, cruciform

Language

čeština (Czech)

Study brunch

Bioinformatika a biocomputing

Composition of Committee

prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) prof. RNDr. Alexandr Meduna, CSc. (místopředseda) Ing. Vladimír Bartík, Ph.D. (člen) Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen) doc. PhDr. Karel Pala (člen) Ing. Jaroslav Rozman, Ph.D. (člen)

Date of defence

2012-06-20

Process of defence

Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se pak seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázku oponenta a na doplňující dotazy přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm " D ". Otázky u obhajoby: 1. Jaké jiné přístupy k filtraci výsledků než ty, které jste použil v práci by se dali ještě aplikovat? Které vlastnosti hledaných sekvencí filtraci stěžují/ulehčují?

Result of the defence

práce byla úspěšně obhájena

Persistent identifier

http://hdl.handle.net/11012/53667

Source

DIVILA, J. Vyhledávání přibližných palindromů v DNA sekvencích [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2012.

Collections

2012 [213]