Výpočet atributů pro předpověď důsledku mutace na funkci proteinu

Abstract

Tato práce se zabývá problematikou z oblasti bioinformatiky, algoritmů a datových typů a strojového učení. Základem práce jsou již existující aplikace Caver a Deleterious, na jejichž vývoji se podíleli studenti Fakulty informatiky Masarykovy univerzity a Fakulty informačních technologíí Vysokého učení technického v Brně. Aplikace Deleterious slouží k získávání a výpočtu atributů proteinů důležitých k predikci vlivu mutace proteinu na jeho výslednou funkci a Caver je program pro hledání tunelů v prostorovém modelu proteinu. Výsledkem má být rozšíření těchto aplikací o výpočet nových atributů, které mohou přispět ke zlepšení přesnosti predikce. Přidané atributy souvisí s hledáním a měřením kapes proteinu.

This thesis deals with issues of bioinformatics, machine learning, algorithms and data structures. The thesis is based on existing applications, Caver and Deleterious, developed by students from the Faculty of Informatics, Masaryk University and the Faculty of Information Technology, Brno University of Technology. The Deleterious framework calculates protein attributes that are important for the prediction of the effect of protein mutations on its function. Caver is a tool that finds tunnels in the 3-dimensional model of a protein. The goal of the thesis is to extend these applications by adding more attributes to the prediction process that could lead to improved prediction. The added attributes are related to detection and measurement of protein pockets.