Akcelerace algoritmů pro porovnání biologických sekvencí s využitím FPGA
Acceleration of Algorithms for Approximate String Matching Using FPGA
Author
Advisor
Martínek, TomášReferee
Kořenek, JanGrade
AAltmetrics
Metadata
Show full item recordAbstract
Táto práca sa zaoberá implementáciou hardwarového zariadenia, ktoré porovnáva biologické sekvencie. Pri porovnávaní využíva algoritmy Smith-Waterman a Needleman-Wunsch. Zariadenie slúži ako akcelerátor bioinformatických algoritmov na vyššej úrovni. Príkladom využitia može byť analýza ľudského genómu, porovnávanie proteínu s databázou, odhaľovanie dedičných informácií. Dosiahnuté zrýchlenie sa v závislostí na danej úlohe, oproti bežnému PC pohybuje v niekoľkých rádoch. This work describes implementation of hardware device for approximate string matching of biological sequences. Matchnig is performed using Smith-Waterman and Needleman-Wunsch algorithms. Device can be used as an accelerator for bioinformatics algorithms on higher level. This accelerator can be used for human genome analysis, matching proteins against a database, revealing inheritance information. Depending on task character, the acceleration speed up achieves several orders of magniture in comparison with conventional computers.
Language
čeština (Czech)Study brunch
Informační technologieComposition of Committee
Process of defence
Result of the defence
práce byla úspěšně obhájenaPersistent identifier
http://hdl.handle.net/11012/56284Source
BECK, P. Akcelerace algoritmů pro porovnání biologických sekvencí s využitím FPGA [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. .Collections
- 2006 [166]