Obrazová analýza mitotických chromosomů
Digital image analysis of mitotic chromosomes
Author
Advisor
Škutková, HelenaReferee
Vítek, MartinGrade
AAltmetrics
Metadata
Show full item recordAbstract
Rozvoj moderní medicíny umožňuje studovat lidský genom a odhalovat predispozice pro odlišné nemoci. Jednou z takových technik je analýza lidského karyotypu, tedy souboru všech chromosomů. Nejdůležitějším krokem při analýze karyotypu je detekce chromosomů a jejich kategorizace. V práci jsem navrhl nový algoritmus pro detekci a kategorizaci chromosomů do sedmi skupin z mikroskopického snímku vzorku DNA. Implementace algoritmu byla provedena v prostředí Matlab. Pro ověření přesnosti segmentace a klasifikace chromosomů byl algoritmus testován na snímcích ze dvou databází (117 a 38 snímků). Sensitivita segmentace činí 88% a pozitivní prediktivní hodnota segmentace je 92%. Úspěšnost párování chromosomů je 77%. The development in modern medicine has allowed to study human genome and detect predispositions to several diseases. One of very promising techniques is the analysis of human karyotype, i.e., the number and appearance of chromosomes in the cell nucleus. The most important step in the karyotype analysis is the chromosome detection and categorization. In this work, a new algorithm for detection of chromosomes from an image of microscopic DNA sample and their categorization into seven groups was developed. The algorithm was implemented in Matlab. The accuracy of segmentation and classification was tested on a set of images from two databases with 117 and 38 images, respectively. The sensitivity of the developed segmentation reached 88% while the value of positive predictivity of segmentation reached 92%. The success rate of chromosome pairing achieves 77%.
Keywords
Chromosom, lidský karyotyp, cytogenetika, barvící metody chromosomů, předzpracování obrazu, analýza obrazu, Chromosome, human karyotype, cytogenetic, chromosome staining methods, image preprocessing, image analysisLanguage
čeština (Czech)Study brunch
Biomedicínské inženýrství a bioinformatikaComposition of Committee
doc. Ing. Jiří Kozumplík, CSc. (předseda) doc. RNDr. Jaromír Baštinec, CSc. (místopředseda) doc. RNDr. Michal Masařík, Ph.D. (člen) Ing. Jan Odstrčilík, Ph.D. (člen) Ing. Helena Škutková, Ph.D. (člen) Ing. Roman Jakubíček (člen)Date of defence
2017-06-06Process of defence
Student prezentoval výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Doc. Baštinec: Používáte "úspěšnost detekce". Kde berete tato čísla? Můžete metodu použít při chromozomech do písmene T? Ing. Jakubíček: Používáte aktivní kontury? Jaký používáte algoritmus nebo příkaz v Matlabu? Která metoda umožňuje změnu topologie kontury? Student obhájil magisterskou práci a odpověděl na otázky členů komise a oponenta.Result of the defence
práce byla úspěšně obhájenaPersistent identifier
http://hdl.handle.net/11012/65455Source
JAROŠ, L. Obrazová analýza mitotických chromosomů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2017.Collections
- 2017 [390]