Celogenomové zarovnání pomocí suffixových stromů
Whole genome alignment using suffix trees
Author
Advisor
Maděránková, DenisaReferee
Sedlář, KarelGrade
CAltmetrics
Metadata
Show full item recordAbstract
Cílem této práce je vytvořit algoritmus, který pomocí sufixových konstrukcí umožní zarovnání genomu dvou organismů, a implementovat jej do programového prostředí jazyka R. Práce se věnuje popisu konstrukce sufixových struktur a metodami celogenomového zarovnání. Výsledkem práce je funkční algoritmus pro celogenomové zarovnání pomocí sufixových struktur implementovaný v programovém prostředí R a jeho srovnání s podobnými programy pro celogenomové zarovnání. The aim of this thesis is to create an algorithm that allows the alignment of the genome of two organisms by means of suffix structures and to implement it into the programming language environment R. The thesis deals with the description of the construction of the suffix structures and the methods of whole genome alignment. The result of the thesis is a functional algorithm for whole genome alignment by means of suffix structures implemented in the software environment R and its comparison with similar programs for the whole genome alignment.
Keywords
sufixové stromy, sufixová pole, Ukkonenův algoritmus, R, celogenomové zarovnání, suffix tree, suffix array, Ukkonen’s algorithm, R, whole-genome alignmentLanguage
čeština (Czech)Study brunch
Biomedicínské inženýrství a bioinformatikaComposition of Committee
doc. Ing. Radim Kolář, Ph.D. (předseda) doc. Mgr. Ctirad Hofr, Ph.D. (místopředseda) doc. RNDr. Martin Kovár, Ph.D. (člen) Ing. Marina Ronzhina, Ph.D. (člen) Ing. Denisa Maděránková, Ph.D. (člen) Ing. Vratislav Čmiel, Ph.D. (člen)Date of defence
2017-06-06Process of defence
Student prezentoval výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Ing. Maděránková položila otázku: Co to jsou treponemy? Doc. Kolář položil otázku: Jak je možné zrychlit navržený algoritmus? Student obhájil bakalářskou práci a odpověděl na otázky členů komise a oponenta.Result of the defence
práce byla úspěšně obhájenaPersistent identifier
http://hdl.handle.net/11012/65466Source
KLOUBA, L. Celogenomové zarovnání pomocí suffixových stromů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2017.Collections
- 2017 [390]