PROKOPYEVA, E. Měření viability buněk [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2012.
Studentka předvedla kvalitní literární rešerši zahrnující přehled metod měření viability zaměřený na fluorescenci. Uvádí výběr a popis metod vhodných pro následnou realizaci v praktické části. Vytknul bych jen občasné anglické popisky u obrázků a občasnou menší kvalitu obrázků. V praktické části se studentce podařilo popsat dvě, z části odlišné fluorescenční metody, a postupy pro obrazové zpracování a vyhodnocení snímků. Jedná se o vyhodnocení viability buněk z mikroskopického obrazu metodou ve světlém poli v kombinaci s fluorescencí a čistě fluorescenční metodou pomocí kitu LIVE/DEAD pro značení jak živých, tak mrtvých buněk. Předvedené programové řešení určené pro zpracování snímků oběma metodami je realizované jen z části. Studentka časově plně nezvládla vyhotovení systému s připojenou kamerou a akvizicí snímků přímo z mikroskopu. Z tohoto důvodu je program navržen jen pro práci s modelovými snímky. Program je určen pro práci se snímky v offline režimu nasnímanými fotoaparátem ve velkém rozlišení. Podává pouze ukázku principu obrazového zpracování a vyhodnocení snímků pomocí funkcí dostupných v LabVIEW, neřeší však praktické problémy, které by nastaly při práci s různými reálnými snímky a sejmutými kamerou s menším rozlišením a kvalitou obrazu. Popis jednotlivých kroků zpracování a analýzy snímků je doplněn ukázkami vytvořenými v realizovaném softwaru. Dopouští se zde řady nepřesností a chyb, příklad může být na straně 41, kde eliminací malých objektů v obraze omylem vyřadí buňky, které jsou živé a dokonce mají optimálně zachovalý tvar, čehož si zřejmě není vědoma. Realizace detekce všech buněk ve světlém poli je popsána jen velice stručně a zdá se být nefunkční (viz str. 45), chybí ukázka a ověření. Popis uživatelského prostředí je nedostatečný. Studentka tedy splnila pouze část zadání. Nesplnila bod 4) s realizací systému pro práci s kamerou a snímání reálných snímků, systém pak z tohoto důvodu neověřila (bod 5) a chybí proto také diskuse nad výsledky.
Úkolem práce Eleny Prokopyevy mělo být seznámení se s možnostmi měření viability buněk, diskuze metod se zaměřením na využití v buněčné mikroskopii a výběr a následná realizace vhodné metody. Metoda měla být realizována v prostředí LabVIEW za pomoci snímání kamerou. Teoretická část je velmi dobře zpracovaná a představuje srozumitelný a ucelený úvod do problematiky měření životaschopnosti buněk. Výhradu mám pouze k nepřesným formulacím v části věnující se detekci hran derivací obrazu (str. 26). Vlastní realizační část práce však působí, že byla sestavována v časové tísni. Je realizována pouze část zadání, konkrétně je vybraná metoda laděna na offline záznamu v podobě obrázku. Zde postrádám požadavky na vstupní obraz - je zřejmě možné zpracovávat obrazy se ztrátovou i bezeztrátovou kompresí. Program navržený v práci se nejen podle uvedených obrázků jeví jako nefuknční: na obr. 27 je ukázka prahování daného obrazu, aplikace funkce pro odstranění malých objektů odstraní dle obr. 28 objekty hledané, ale malé objekty ponechá. Správně je použit až blok pro odstranění částic dotýkajících se hranic obrazu. Na straně 42 studentka popisuje dilataci obrazu, použitý blok "FillHole" rozhodně ale dilataci neprovádí. Zřejmě chybně je zvolen kontrast obrazu pro detekci hran, což dokládá výsledek hranové detekce na obr. 37. Výše zmíněné postupy jsou realizovány standardními bloky knihovny "IMAQ Vision" pro LabVIEW a nedokládají hlubší invenci studentky. Po formální stránce mám výhrady ke gramatickým chybám. Zcela matoucí, nepřehledné a v rozporu se základními typografickými pravidly je použití stejných řezů u nadpisů různých úrovní. Kvalita některých obrázků je špatná, popisky uvnitř v cizím jazyce a nečitelné (např. obr. 2 a 3). Výhrady mám i k uvedené literatuře, ne vždy je uveden původní zdroj, např. pramen [6] (ke dni 29.5.2012) neexistuje, v práci však není uvedeno datum jeho použití. U literatury [17] není zdaleka důležitý dotaz pro hledání ve vyhledávači Google, ale výsledek samotný. Vlastní realizační část práce je poměrně malého rozsahu, což je zřejmě způsobeno nesplněním velké části zadání z důvodu realizace pouze pár dílčích postupů. Vzhledem k uvedeným výtkám a nesplnění zadání hodnotím předloženou práci studentky Eleny Prokopyevy známkou "nevyhovující". K případné obhajobě přikládám dvě otázky.
eVSKP id 49157