PETROVSKÝ, J. Techniky mapování genomu k referenční sekvenci [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2020.
Student Jan Petrovský vypracoval bakalářskou práci na téma srovnání mapovacích nástrojů pro genomová sestavení. Práce je psána česky, bez větších překlepů a je logicky členěna. Student cituje celkem 48 literárních zdrojů, převážně cizojazyčnou odbornou literaturu. V teoretické části práce se věnuje přehledu sekvenačních technologií a nástrojů používaných pro genomová sestavení. Nástroje jsou přehledně popsány, stejně jako používané formáty. V praktické části student využívá simulátor sekvenačního běhu pro platformu Illumina, který poskytuje také referenční sestavení simulovaných dat. Student následně porovnává sestavení pomocí vybraných nástrojů s tímto referenčním. K práci využívá vlastní vytvořený postup v jazyce Python. K hodnocení využívá několik různých kritérií od úspěšnosti mapování a času běhu po testování shody statistického rozložení. Veškeré výsledky také jasně graficky prezentuje. Pro hodnocení si zvolil 3 mapovací nástroje a celkem 21 různých organismů, s převážným zastoupením bakterií. V další části pak student diskutuje parametry jednotlivých nástrojů a ukazuje některé možnosti jejich přenastavení pro zlepšení výsledného mapování. Popis nástrojů používaných v následující praktické části by mohl být podrobnější. Chybí také zdůvodnění výběru nástrojů a vytvoření testovacího datasetu. Jednotlivé metriky by bylo také vhodné propojit do ucelenějšího souboru, i když jde o poměrně složitou komplexní problematiku. Veškeré body zadání považuji za splněné. Student pracoval během celého semestru samostatně a průběžně svůj postup konzultoval. Práci hodnotím stupněm B (80b.).
Student Jan Petrovský se ve své práci zabývá srovnáním vybraných nástrojů pro mapování čtení k referenčnímu genomu, a to pomocí vlastních navržených metrik. V rámci literární rešerše čtenáře seznamuje se všemi důležitými aspekty problematiky, včetně základů sekvenace DNA, přístupů k mapování nebo základními datovými strukturami. Tato rešerše je navíc podložena dostatečným množstvím kvalitní literatury. Místy je práce ovšem hůře pochopitelná, např. obsahuje odkaz na neexistující tabulku 1 nebo v kapitole „Mapování k referenci“ je přiložena tabulka porovnávající různé sekvenátory, což s mapováním úplně nesouvisí. Tyto nešvary bohužel zasahují i do praktické části práce, ve které student porovnával 3 vybrané mapovací nástroje na celkem 21 genomech. V samotné práci jsou uvedeny výsledky pouze pro vybrané genomy, což je sice přehledné, ale samotná diskuse pak hodnotí všechny výsledky, které jsou umístěny v příloze. V samotném textu však chybí odkaz, která příloha je aktuálně diskutovaná. Navíc samostatná kapitola diskuse obsahuje další tabulku, která evidentně ukazuje nějaké výsledky, je ovšem tak málo popsaná, že není patrné, co v ní obsažené hodnoty reprezentují. Čtivosti práce navíc nesvědčí ani nezanedbatelné množství překlepů, hrubek a dalších prohřešků, například nepsaní latinských názvů kurzívou či střídání první osoby jednotného a množného čísla a také množství zcela prázdných stránek. Na druhou stranu práce přináší určité solidní výsledky, a jelikož zadání práce považuji za splněné, hodnotím práci jako dobrou.
eVSKP id 126720