LÝČKOVÁ, V. Vyhledávání homologních genů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2014.
Studentka ve své práci popsala algoritmy pro vyhledávání homologních genů a vytvořila program s uživatelským rozhraním pro jejich vyhledávání. Studentka využívala konzultace a aktivně vyhledávala literární zdroje, pro teoretickou část využila 53 relevantních literárních pramenů. Celkově teoretická část působí uceleným dojmem na rozdíl od části praktické, na řešení které si autorka pravděpodobně nevyhradila dostatečný čas. V praktické části práce je málo popsané vybrané programové řešení vyhledávání homologních genů, konkrétně není jasné, jak bylo vypočítané procento homologie dvou sekvencí, resp. jak bylo normalizováno. Taktéž by bylo vhodné lépe zdůraznit význam a vlastnosti bodového diagramu, který je výstupem programu. V praktické části dále bylo zbytečné ověřování zarovnání komerčními programy, protože zarovnání bylo počítané pomocí funkce obsažené v bioinformatickém toolboxu Matlabu. Studentka srovnávala výsledky s programem PSAT, jehož popis v teoretické části chybí. Pro lepší věrohodnost tvrzení o nastavování optimálních parametrů pro vyhledávání homologních genů, uvedených v závěru, by bylo vhodné otestování na více genech. Přes uvedené výhrady považuji zadání práce za splněné.
Studentka Veronika Lýčková se zabývala počítačovými metodami automatické analýzy biologických sekvencí, konkrétně vyhledávání homologních genů v sekvencích DNA a proteinů. Cílem projektu bylo mimo jiné navrhnout metodu pro vyhledávání homologních genů porovnáváním proteinových sekvencí a realizace zarovnávání genů včetně jejich porovnání. Text práce je v rozsahu 79 stran bez příloh a obsahuje seznam 53 relevantních odborných pramenů. Po formální stránce je práce zpracovaná standardně, struktura a úprava textu je akceptovatelná. V práci se vyskytují některé menší nedostatky. Např. na str. 13 jsou použity anglické názvy pro třídění genů, ačkoliv české ekvivalenty jsou již zavedeny. Odborný jazyk práce je v některých místech poněkud těžkopádný, např. věta o volbě metody "v nesprávném případě" na str. 25, apod. Práce obsahuje pojednání o molekulárně-biologických databázích sekvencí, dále stručný, ale dostačují popis principu porovnávání a zarovnávání nukleotidových i proteinových sekvencí a poměrně kvalitně provedený přehled dostupných metod a jejich realizací pro práci s homologními geny. Součástí zadání bylo navrhnout metodu pro vyhledávání homologních genů. Autorka se rozhodla tuto část vyřešit využitím známého Needlmanova-Wunschova algoritmu, a to jeho realizací funkcí Matlabu s názvem nwalign. Tato skutečnost je zmíněna jednou větou na str. 46 v části Realizace programu. Je škoda, že byl použit pouze známý algoritmus formou začlenění do grafického uživatelského prostředí a nebylo tak dosaženo zřejmě původního záměru na vytvoření vlastní metody a její konfrontace se známými metodami. V poslední části je pak provedena diskuse výsledků zarovnávání na vybraných příkladech. Předloženou práci hodnotím s uvážením výše uvedených výtek kladně.
eVSKP id 73095