HALIENOVÁ, A. Změny proteomu a metabolomu u vybraných organismů ve stresových podmínkách [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2010.
viz. tištěná verze založená ve spise studentky
Dizertační práce je zaměřena na využití biotechnologických a chemických postupů v experimentálních podmínkách, je členěna do 10 kapitol dle běžných zvyklostí. Celkem je sepsána na 187 stranách, je tvořena textem, tabulkami, grafy a obrázky. Dovoluji si upozornit, že název předložené dizertační práce plně neodpovídá, pokud jde o její název (nemyslím tím jazykově) Zadání dizertační práce ze dne 31.3.2010. V některých částech dizertační práce je použito zcela nevhodně dělení tabulek na 2, popř. více stránek. Také uvádění komentářů k obrázkům či grafům do samostatně označených tabulek není zcela běžné. K Abstraktům jak v českém, tak i anglickém jazyce mám připomínku, že jsou v první části zcela obecné. Abstrakty v jednotlivých jazycích by měly být vždy na samostatném listu včetně klíčových slov. Úvod - s. 11-12 plně vystihuje dále uváděnou problematiku. Kapitola Teoretická část - s. 13-51 je napsána přehledně a vystihuje v plném rozsahu řešenou problematiku. Cíle dizertační práci jsou zaměřeny na studium různých typů stresových podmínek na vybrané organismy jak mikrobiální, tak rostlinné. Hlavní cíl je poté členěn do 7 dílčích cílů. Stanovené cíle odpovídají zadání a řešené problematice. V kapitole Materiál a metodické postupy (s. 53-77) jsou uvedeny jednotlivé metody dle stanovených cílů. Je na škodu, že tato kapitola neobsahuje metody kalibrace a validace uvedených metod. Zcela postrádám kapitolu věnující se matematicko-statistickému vyhodnocení získaných výsledků. Žádám dizertantky, aby ve svém vystoupení nás seznámila s počtem vzorků a jejich opakování. Výsledky dizertační práce jsou uvedeny na 87 stranách. Jsou přehledné, srozumitelné, vycházejí z cílů dizertační práce, avšak jim chybí statistické porovnání. Také názvy tabulek by neměly být psány kurzívou, tento způsob označení se používá u grafů a obrázků. Na nevhodnost používání komentářů ke grafům jsem upozornil výše. Dotazy: - může velikost částic vzorku ovlivnit výsledky antioxidační aktivity? - můžete sdělit literární zdroj, popř. příslušnou normu EU, resp. ČR k přípravě vzorků pro následnou analýzu? - jakou nejvhodnější a zároveň nejoptimálnější metodu detekce by jste navrhla? Kapitola Diskuze (s. 166-171) je dle mého názoru nedostatečná, jsou uváděny spíše názory dizertantky, teprve první zdroje [4,136] jsou uvedeny na s. 168. Tato kapitola měla být součástí Výsledků. Celkem bylo diskutováno jen s 9 autory, to je pouze 7 % z počtu použité literatury. Závěry - s. 172-174 vycházejí z uvedených výsledků, jsou výstižné, dle mého názoru správně interpretovány a mohou sloužit pro další zkoumání dané problematiky. Seznam zkratek - drobná připomínka, ke zkratce RR - Rhodotorula rubra, psát kurzívou, rovněž MÚ - patří MU - Masarykova univerzita, avšak v kapitole Diskuze píše autorka PŘ MU, tato zkratka v seznamu chybí. Kapitola Seznam literatury je tvořen 136 citacemi domácích a zahraničních autorů. Citace jsou nejednotné z pohledu uvádění ISBN resp. ISSN. Celkové zhodnocení dizertační práce: Předložená dizertační práce přináší nové, zpřesňujících vědeckých poznatků z oblasti testování různých metod izolace proteinů, změny produkce karotenoidů, sledování rozdílných skladovacích podmínek u jablek a v neposlední řadě zavedení nových metodik pro stanovení antioxidační aktivity. Závěr Předložená dizertační práce paní Ing. Andrei Halienové splňuje po stránce vědecké, obsahové a formální požadavky stanovené příslušnými vyhláškami pro získání vědecko-akademické hodnosti. Na základě uvedeného navrhuji paní Ing. Andrei Halienové po úspěšné obhajobě dizertační práce udělení vědecko-akademické hodnosti Ph.D. ve studijním oboru Chemie životního prostředí (2805V003).
Predkladaná dizertačná práca Ing. Andrei Halienovej sa zaoberá problematikou analýz zmien v proteóme a metabolomike u vybraných mikroorganizmov a rastlín vystavených rôznym typom stresov prostredia. Ako modelové mikroorganizmy boli použité pigmentotvorné kvasinky rodov Rhodotorula, Sporobolomyces a Cystofilobasidium. Je známe, že pri nerovnováhe vonkajšieho prostredia sa spúšťajú metabolické dráhy indukujúce obranné mechanizmy umožňujúce bunke prispôsobiť sa vplyvom okolia. Pretože zvýšená tvorba karotenoidov bunkami je zároveň jedným z hlavných adaptačných mechanizmov u týchto mikroorganizmov rastúcich v nepriaznivých podmienkach prostredia, štúdium fyziologických faktorov na úrovni metabolomiky a proteomiky navodených cieleným environmentálnym stresom tak môže nielen poskytnúť cenné informácie o regulačných mechanizmoch bunky ale aj výrazne prispieť k biotechnologickej nadprodukcii cielených karotenoidných pigmentov. Ďalšími organizmami na sledovanie zmien na proteínovej a metabolickej úrovni boli vzorky jabĺk, jačmeňov a sladov, kde sa jednak overili metódy analýz proteínov a jednak sa študovali aktivity enzýmov a detegovali hladiny metabolitov s antioxidačnými účinkami. Dizertačná práca je klasicky členená a na svojich 184 stranách prináša zaujímavé čítanie. Teoretická časť zahŕňa dôležité poznatky zo svetovej literatúry a oboznamuje čitateľa s vplyvom stresov na proteomiku a metabolomiku u rôznych organizmov (len 5 strán), s karotenoidnými kvasinkami a s niektorými enzýmami a antioxidčnými látkami zapojenými do stresovej odozvy organizmov. Hlavná časť teoretickej časti práce je venovaná metódam izolácie a analýz proteínov v biologických vzorkách. Obrázky, náčrty a tabuľky vhodne dopĺňajú text. Ciele práce sú jasne formulované, podobne aj celá metodologická časť je písaná prehľadným štýlom. Tu oceňujem, že jedným z cieľov práce bolo aj zavedenie mnohých nových metodických postupov na odlišných experimentálnych matriciach (mikroorganizmus, rastlinný materiál). Nosnou časťou dizertačnej práce sú autorkine výsledky, ktoré sú rozdelené na dve hlavné časti: a) analýza zmien proteómu a produkcie karotenoidov u kvasiniek rastúcich v stresových podmienkach (NaCl, H2O2), b) analýza proteínov, enzýmov a a antioxidačných látok v rastlinných vzorkách. Prvá časť výsledkov je jasne prezentovaná v logickej postupnosti od základných morfologicko-rastových charakteristík jednotlivých kvasinkových kultúr, cez analýzy a identifikácie kvasinkových proteínov (1D PAGE-SDS, mikročipová analýza, 2D elektroforéza s následnou hmotnostnou spektroskopiou) až po determináciu tvorby kvasinkových karotenoidov pri jednotlivých stresoch prostredia. Druhá časť výsledkov je zameraná na sledovanie zmien proteínov (1D PAGE-SDS a mikročipová analýza), aktivít vytipovaných enzýmov (superoxiddismutáza, kataláza, polyfenoloxidáza) a biosyntézy antioxidantov (polyfenoly a flavonoidy) ako aj stanovenie celkovej antioxidačnej aktivity extraktov jabĺk vystavených exogénnemu stresu v atmosfére s regulovaným obsahom kyslíka. Tieto experimenty sú neštandardne kombinované aj s analýzou lipoxygenázy, inhibičných efektov na pôsobenie lipoxygenázy a antioxidačných aktivít extraktov rôznych druhov jačmeňa a sladu. Výsledková časť je bohatá na fotografie, obrázky a grafy (niektoré sprevádzané tabuľkami) názorne dokumentujúce získané údaje. V grafoch a tabuľkách však nie sú uvádzané experimentálne odchýlky, čo logicky indukuje otázku, že koľko krát boli experimenty opakované a aká bola reprodukovateľnosť výsledkov? Malú poznámku smerujem aj na nezvyčajné rozdeľovanie individuálnych tabuliek na dve strany; individuálne tabuľky sa umiestňujú na jednu stranu (pokiaľ to dovolí ich veľkosť). Oceňujem, že výsledky sú nakoniec široko diskutované, kde autorka prezentovala svoje vlastné pohľady na experimenty a dokázala vyvodiť z nich vlastné závery, ktoré porovnávala a debatovala s podobnými prácami vo svete. Celá práca je sumarizovaná v záveroch a zakončená 136 plnými citáciami svetovej literatúry (z toho 23% je z rokov 2006-2010) vrátane niektorých autorkiných publikácií a konferenčných príspevkov. Záverom by som chcel vyzdvihnúť prednosti predkladanej dizertačnej práce, ktorá bola zameraná na štúdium zmien proteómu a metabolomu karotenoidných kvasiniek a vytipovaných rastlinných vzorkách v stresových podmienkach. Celá práca je postavená na dobrej orientácii doktorandky v danej problematike a na množstve vykonaných experimentov, ktorá je základom pre ďalšie štúdie a rozvíjanie poznatkov v základnom výskume a ich transfer do aplikačnej oblasti. Vzhľadom na vyššie uvedené skutočnosti a v súlade s článkom 46 Studijného a zkušebného řádu VUT v Brne odporúčam, aby po úspešnej obhajobe dizertačnej práce bola Ing. Andrei Halienovej v študijnom programe Chémia a technológia ochrany životného prostredia udelená vedecká hodnosť phylosophy doctor (PhD)
Posudek existuje pouze v písemné podobě a je založen ve spisu studenta.
eVSKP id 32746