HRACHO, M. Vyhledávání tandemových repetic v DNA pomocí nukleotidových denzitních vektorů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2014.
Formální stránka bakalářské práce studenta Michala Hracha je na nižší úrovni, vytýkám především nízkou kvalitu obrázků 20 až 25, u některých obrázků chybí popisky os či není jednotná velikost písma. Také chybí seznam použitých zkratek, některé používané zkratky a jednotky nejsou v textu vysvětleny, např. jednotky bp. V praktické části práce měl student prověřit možnosti vyhledávání tandemových repetic pomocí analýzy nukleotidových denzitních vektorů. Na návrh vedoucí práce student vyzkoušel diskrétní Fourierovu transformaci, avšak místo denzitních vektorů používal binární indikační vektory, aniž by tuto volbu v práci dostatečně zdůvodnil. Denzitní vektory používá pouze k vizuální inspekci na přítomnost repetic. Pro zvolenou délku repetice jsou vykreslovány průběhy amplitudy příslušného frekvenčního koeficientu v závislosti na pozici výpočetního okna, v těchto průbězích jsou některé typy repetic dobře patrné, nebyl však navržen žádný způsob automatické detekce. Vše je vyhodnocováno na základě vizuální inspekce průběhů, ale ani tak není v práci uvedeno, na jakých pozicích v testovacích sekvencích se repetice vyskytují. Jediná hodnota práce spočívá v testování volně dostupných programů pro vyhledávání repetic. Práce by mohla být velmi perspektivní, kdyby student práci řešil a konzultoval průběžně a ne až v závěru semestru.
Student Michal Hracho se ve své práci zaměřil na metody detekce repetitivních úseků v DNA sekvencích. Teoretická část práce je poměrně kvalitní. Student zde kromě obecně biologické problematiky předkládá i přehled současných metod a online nástrojů určených k detekci různých typů repetic. K tomuto účelu vypracoval i rozsáhlé srovnání online nástrojů na sekvencích uměle generovaných pomocí vlastního generátoru i na reálných sekvencích. Samotná praktická část bakalářské práce je oproti tomu na velmi nízké úrovni. Student zde navrhuje vlastní přístup pro detekci repetic na základě aplikace Fourierovy transformace na denzitní vektory reprezentující sekvenci DNA. Celým řešením je ovšem jen vykreslení velkého počtu nekvalitních nedostatečně popsaných obrázků vývoje amplitudy spektrálního koeficientu na pozici v sekvenci. Spektrální koeficienty navíc vyhodnocuje z indikačních vektorů, ale zadány byly denzitní vektory. Pouze slovně komentuje charakteristické projevy výskytu repetic na amplitudě spektrálních koeficientů, což je obecně známý fakt. Práce postrádá jakoukoliv automatickou detekci repetitivních segmentů, pouze v jednom obrázku je ručně repetice orámována. Z tohoto důvodu zde chybí i jakékoliv statistické srovnání detekce např. s online nástroji na základě objektivních parametrů jako je pozice a délka repetic, nebo citlivost k jednotlivým typům mutací. Kromě nedostatečného vyhodnocení postrádá praktická část i jakoukoliv preanalýzu nastavitelných parametrů jako je délka okna či volba spektrálních koeficientů. Po formální stránce vytýkám zejména velký počet nekvalitních obrázků bez popisu os, nejednotnost použitých fontů textu (viz str. 31-32) a chybějící seznam zkratek. Celkově tak hodnotím práci pouze jako dostatečnou.
eVSKP id 72818