URBANOVÁ, H. Preference synonymních kodonů v mitochondriálním genomu [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2018.
Bakalářská práce studentky Hedviky Urbanové je vypracována na 36 stranách textu od úvodu po závěr a dalších 13 stran tištěných příloh obsahující tabulky výsledků. Po formální stránce mám několik spíše drobnějších výtek, např.: zbytečně velký použitý font textu, některé latinské názvy organismů nejsou kurzívou stejně jako názvy proměnných zmiňovaných v textu, pro obrázky 5.2 až 5.7 mohla být zvolena lepší reprezentace legendy. Text literární rešerše a popisu vlastního řešení je přehledný, jen s malým počtem zmatečných tvrzení. Studentka práci řešila po celou dobu aktivně a pravidelně využívala konzultací. Práce s odbornou cizojazyčnou literaturou mohla být vzhledem k tématu rozsáhlejší. V rámci práce byla vytvořena uživatelská aplikace počítající parametry kodonové preference včetně možnosti výpočtu v plovoucím okně. Aplikace je v globálu funkční, avšak pro některé možnosti výpočtu, mohla být aplikace propracovanější, např. v tabulkových výstupech mohly být i názvy kodonů/aminokyselin, pro které jsou hodnoty spočítány, či by nebyly dostupné funkce některých tlačítek. V některých případech funkce zahlásila chybu. Pomocí aplikace byla provedena analýza lidského mitochondriálního genomu, která odhalila několik zajímavostí v kodonové preferenci. Zadání práce bylo splněno. Práci doporučuji k obhajobě s hodnocením C, 75 bodů.
Studentka Hedvika Urbanová se ve své bakalářské práci zabývala preferencí synonymních kodonů v mitochondriálním genomu. V praktické části navrhla funkce pro výpočet preferenčních parametrů, které implementovala do vlastní aplikace. Předložená práce splňuje formální požadavky, je logicky členěná a jednotlivé kapitoly na sebe navazují. Části textu jsou vyvážené a vhodně strukturované. Kladně hodnotím jasně zpracovanou teorii uvádějící čtenáře do zkoumané problematiky, v textu mi však schází porovnání s podobnými nástroji. Ve vytvořené aplikaci je jistě prostor pro zlepšení a kód programu by měl být lépe ošetřen, nicméně je navržené programové řešení převážně funkční. Analýza kodonové preference mohla být provedena na větším souboru dat. Rovněž diskuze práce v závěru mohla být obsáhlejší a studentka mohla více popsat přínosy a omezení své aplikace. Práce je psána srozumitelným jazykem a obsahuje dostatečný počet obrázků a tabulek. Vyskytuje se v ní jen několik překlepů či nepozorností při formátování textu. Práce je podložena 11 zahraničními zdroji a je dodržen jednotný styl citací dle požadované normy. Studentka plně splnila všechny body zadání, její práci považuji za zdařilou a doporučuji k obhajobě.
eVSKP id 110539