KRUML, O. Klasifikace biologických sekvencí s využitím bezeztrátové komprese [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2016.
Student Ondřej Kruml se ve své diplomové práci zaměřil na poměrně novou problematiku klasifikace biologických sekvencí na základě numerické reprezentace genetického kódu využívající algoritmy bezeztrátové znakové komprese. K tématu vypracoval odpovídající literární rešerši obecně pojednávající o kompresi i konkrétně zaměřenou na kompresní algoritmy pro biologické sekvence. Na základě zahraniční publikace navrhl a v programovém prostředí Matlab realizoval algoritmus klasifikace využívající metodu LZ77. Algoritmus dále rozšířil o dvě vlastní modifikace zrychlující výpočet a mírně i zpřesňující klasifikaci. Program doplnil o praktické uživatelské rozhraní. Vytýkám zde však nevhodné testování a statistické srovnání, kdy student testuje původní verzi algoritmu a teprve poté představuje vlastní modifikace. Navíc kromě srovnání výsledků metody s evolučními modely by bylo vhodné zařadit i jiné metody klasifikace na základě numerických reprezentací. Místy se rovněž vyskytují drobné formátovací a odborné nedostatky jako jsou: nejednotné zarovnání textu, označování metod kombinací různých zkratek a malých i velkých písmen v názvech, tabulka 11 se v práci vyskytuje dvakrát, nestandardní řazení literárních zdrojů apod. Aktivita studenta v průběhu řešení práce byla přiměřená. Kromě zmíněných nedostatků považuji práci za velmi dobrou.
Student Ondřej Kruml se ve své diplomové práci zabýval problematikou numerické reprezentace DNA sekvencí v kontrastu se symbolickou reprezentací. Zaměřil se na metody klasifikace těchto sekvencí založených na bezeztrátové kompresi, což představuje aktuální a současně nadějný přístup. V úvodní části diplomant dostatečně zpracoval přehled současných metod, byť některé části jsou popsány poněkud stručně a úsporně a větší míra podrobností by prospěla v posouzení vhodnosti či nevhodnosti stávajících řešení. V další části je popsán návrh a programová realizace algoritmu pro klasifikaci sekvencí založeného na známé metodě LZ77. Součástí návrhu jsou originální modifikace pro snížení výpočetní náročnosti výpočtů. Zde postrádám jasnější porovnání se stávajícími algoritmy jiných autorů. Diskuse realizovaných algoritmů je začleněna do části výsledků, což není úplně optimální a neposkytuje tak plnou možnost zhodnocení kvality navrženého řešení. Oceňuji však zjevnou snahu diplomanta dosáhnout akceptovatelných výsledků, práci s relevantními literárními zdroji a popisu realizovaného řešení. Po formální stránce je práce zpracována bez větších chyb a je na akceptovatelné úrovni.
eVSKP id 93538