PAROBKOVÁ, V. Segmentace a morfologická analýza choroidního plexu myšího embrya [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2022.
Studentka Viktória Parobková se ve své diplomové práci zabývala návrhem a implementací metody vhodné pro segmentaci choroidního plexu myších embryí a jejich morfologické analýze v různých vývojových stádiích a genetických mutacích z mikro CT obrazových dat. Studentka navrhla a implementovala poloautomatický heuristický segmentační přístup, který otestovala na dostupné databázi. Výsledky tohoto algoritmu v průběhu řešení práce zdokonalila a nedokonalosti diskutovala. Vzhledem k dostupnosti jen velmi malého množství dat s vysokou variabilitou však přístup k řešení shledávám vhodným. Hlavní částí práce byla morfologická analýza segmentovaných dat, kdy studentka na základě literární rešerše navrhla a implementovala řadu morfologických deskriptorů, které dále rozšířila o další, doposud v literatuře nepoužívané. Na základě morfologických deskriptorů provedla celou řadu porovnání dostupných dat a získané výsledky diskutovala a vyvodila logické závěry. Kladně hodnotím rozhodnutí psát práci v anglickém jazyce, kdy jazyková úroveň je však na průměrné úrovni. Po formální stránce je práce na dobré úrovni, jen s několika drobnými nedostatky (někdy nekonzistentní symbolika a používání různých zkratek, občasné překlepy, špatně vygenerované záložky v pdf formátu). Řazení kapitol je místy zmatečné a některé pasáže logicky nenavazují. Rozsah práce odpovídá požadavkům na diplomové práce. Z hlediska prezentační úrovně je práce občas méně přehledná, zejména v kapitole výsledků, kdy je v textu vyjmenována celá řada čísel nebo skutečností bez okamžité souvislosti. Navíc jsou tyto výsledky často duplicitně uvedeny také v grafu, obrázku nebo tabulce. Přehlednosti také ubírá nedostupnost informace o době růstu přímo v grafech a tabulkách (E13/E15), kdy je nutné hledat v textu. Studentka v práci použila velké množství relevantní, zejména zahraniční recenzované literatury, kterou vhodně citovala a odkazovala. Studentka svou práci, včetně konzultací, prováděla zejména na externím pracovišti laboratoří CEITEC VUT; aktivitu studentky nejsem schopen hodnotit a přikládám proto také posudek konzultanta Ing. Jakuba Lázňovského: „Během řešení tohoto projektu studentka dokázala vybrat vhodné vzorky, tyto vzorky připravit na mikroCT měření, a dále provést kvantitativní analýzu naměřených dat. Dílčí výsledky analýz aktivně konzultovala jak s kolegy z CT laboratoře CEITEC VUT, tak se spolupracujícími výzkumníky z PřF MU. Postupy a výsledky popsané v rámci této práce budou zahrnuty do dalších vědeckých studií.” Všechny body zadání považuji za splněné a práci hodnotím stupněm B (88 bodů).
Studentka se ve své práci dle názvu zabývá segmentací a morfologickou analýzou Choroidního plexu, přičemž finální obsah předložené práce spíše inklinuje k celkovému finálnímu výzkumnému projektu zabývajícího se metodiku hodnocení změny fenotypu na základě změny genotypu u myších embryí. Práci lze spíše považovat za velmi zajímavý pilotní, avšak komplexní nástin metodiky od barvení vzorků, snímání, obrazové analýzy, statistiky a odvození závěrů. Je zřejmé, že studentka odvedla mnoho práce, ovšem předložená práce prezentuje tuto snahu velmi ledabyle. Z předložené práce je zřejmá i snaha studentky držet se původního cíle a zabývat se ryze zpracováním obrazů, což ovšem poté působí dvojsečně. Nicméně i tak musím konstatovat, že zadání práce je bezezbytku splněno. Formální stránka je na dobré úrovni, text obsahuje překlepy, je psán velmi prostými jednoduchými větami a místy i špatnou angličtinou. Samotný text místy není příliš čtivý, někdy matoucí, a je náročné sledovat myšlenku autorky. Práce obsahuje obrázky nízké kvality a Fig. 1.4 není dohledatelný v uvedené citaci. Výhrady mám dále ke kapitole 3, která je psána nevhodnou formou, a to drobným přepsáním vět přímo ze článků, které pak na sebe plynule nenavazují a nedrží původní myšlenku autorů. V práci mi zcela chybí kapitola popisující realizaci či programovou implementaci algoritmů, a tedy není z práce zřejmé, nakolik je praktická část vlastním přínosem studentky. Například v samotných odevzdaných zdrojových kódech, lze naleznout významné části kódu převzaté z GitHubu bez zachování hlavičky původního autora, byť se správnou citací, ovšem bez jakékoli zmínky v textu práce, což pak z textu působí jako vlastní implementace studentky. Ohledně samotné segmentace plexu, musím konstatovat, že se nejedná o snadný úkol vzhledem k vlastnostem dostupných dat a jejich různorodosti. Studentka prezentuje navržený automatizovaný přístup segmentace využívající pouze standardních přístupů. Dle mého názoru se zaměřila spíše na něco jako doporučený postup segmentace využívající elementární metody zpracování obrazů a nezbytného ručního dočistění. Tedy studentka volila raději prosté získání binární masek, než se zabývat možnostmi pokročilejších segmentačních technik (což tvoří dva body zadání práce). Tento názor podporuje i nesoulad popisu automatizované metodiky v textu práce a v odevzdaných zdrojových kódech u Otsu metody. Ocenil bych zhodnocení časové náročnosti navrženého přístupu ve srovnání s ryze manuální segmentací. Výhrady mám také k prezentování výsledků, kde studentka v textu prostě uvádí mnoho čísel, bez větší souvislosti nebo interpretace. Také je prezentováno množství zbytečných grafů či tabulek (např. tabulka 4.3, 4.1, 6.1, 6.2, 6.3, 6.13). Graf 6.14 neobsahuje popis os a není ani jasná jeho interpretace. Výsledky by si určitě zasloužily vhodnější prezentaci pro jejich snazší interpretaci, například jednoduché vyhodnocení počtu falešně negativní detekce laterálního plexu. Nicméně, je třeba vzít v úvahu, že je k dispozici zatím málo dat a není možné vyvozovat komplexnější závěry v rámci řešeného výzkumného projektu. I přes zmíněné nedostatky hodnotím práci jako zdařilou, studentka předvedla dobrou inženýrskou práci, kterou prezentuje na průměrné úrovni a hodnotím stupněm C 78 bodů.
eVSKP id 142099