Skákající jazykové modely
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
B
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract
Cílem této diplomové práce je návrh a výzkum nových verzí skákajících automatů a gramatik. Nové verze jsou zaměřeny primárně na aplikace v bioinformatice - DNA computingu. Práce zkoumá jejich vyjadřovací sílu a další vlastnosti navržených modelů a porovnává je s již existujícími modely teoretické informatiky. Následně demonstruje praktické aplikace, konkrétně aplikace pro detekci aminokyselin a proteinů uvnitř DNA sekvence a provádí porovnání s již existujícími nástroji v DNA computingu, jako jsou například Markovy pravděpodobnostní modely.
The main goal of this master thesis is introduction and investigation of extended version of jumping automata and grammars. New versions are primarily focused on bioinformatic applications - DNA computing. This thesis examine their power and other properties of new models and makes comparison with existing computer science models. Then thesis demontrates practical applications, specifically amino acid and protein detections inside DNA sequence and makes comparision with existing tools in DNA computing for example Mark´s probabilistic models.
The main goal of this master thesis is introduction and investigation of extended version of jumping automata and grammars. New versions are primarily focused on bioinformatic applications - DNA computing. This thesis examine their power and other properties of new models and makes comparison with existing computer science models. Then thesis demontrates practical applications, specifically amino acid and protein detections inside DNA sequence and makes comparision with existing tools in DNA computing for example Mark´s probabilistic models.
Description
Keywords
skákající, gramatika, tree controlled, rozptýleným kontextem, DNA, RNA, JTC, teoretická informatika, bezkontextové, kontextové, lineární, regulární, jazyk, syntaktická analýza, derivační strom, skákající převodník, prokaryotní, jumping, grammar, tree controlled, scattered, DNA, RNA, JTC, computer science, context-free, context-sensitive, linear, regular, language, syntactic analysis, derivation tree, jumping transducer, prokaryotic
Citation
OŠMERA, L. Skákající jazykové modely [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2019.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Počítačové sítě a komunikace
Comittee
doc. Ing. Ondřej Ryšavý, Ph.D. (předseda)
doc. Ing. Jan Kořenek, Ph.D. (místopředseda)
prof. RNDr. Milan Češka, CSc. (člen)
doc. RNDr. Eva Hladká, Ph.D. (člen)
doc. Ing. Jiří Jaroš, Ph.D. (člen)
Ing. Petr Matoušek, Ph.D., M.A. (člen)
Date of acceptance
2019-06-18
Defence
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm " B ". Otázky u obhajoby: Ze svých mnoha připomínek k prezentovaným výsledkům vybírám dva algoritmy z kapitoly o skákajících tree controlled gramatikách. Z mého pohledu pomocí uvedených algoritmů následující otázky vyřešit nelze, ale třeba se mýlím a student to dokáže. Uvažujme jednoduchou tree controlled gramatiku s pravidly {S->SSS, S->a} a regulárním výrazem S* dohromady zajišťující jazyk a^(3^n). Podle algoritmu II převedeme pravidla do CNF, tedy {S->SA,A->SS,S->a}. Jak bude podle algoritmu III vypadat upravená množina regulárních výrazů, tak aby byl přijímaný jazyk stále a^(3^n)? Jak bude pro tuto tree controlled gramatiku vypadat ekvivalentní scattered context gramatika vygenerovaná dle algoritmu IV?
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení